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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rez | ||||||
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Title | glycoprotein GPIb variant | ||||||
![]() | Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX | ||||||
![]() | CELL ADHESION / platelet surface receptor / Glycoprotein / GP1BB and GPIX | ||||||
Function / homology | ![]() glycoprotein Ib-IX-V complex / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / Platelet Aggregation (Plug Formation) ...glycoprotein Ib-IX-V complex / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / release of sequestered calcium ion into cytosol / platelet activation / blood coagulation / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Quaternary organization of GPIb-IX complex and insights into Bernard-Soulier syndrome revealed by the structures of GPIb beta and a GPIb beta/GPIX chimera Authors: McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 197.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 161.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 100 / Label seq-ID: 13 - 103
|
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 14087.135 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GP1BB and GPIX chimeria / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 7 molecules 




#2: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Sugar | ChemComp-FUL / | #5: Sugar | ChemComp-MAN / | |
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-Non-polymers , 2 types, 280 molecules 


#3: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.1 M MMT buffer pH 5 (MMT buffer is a mixture of DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios 1:2:2 DL-malic acid:MES:Tris base), 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARC MOSAIC3 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si(311) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→62.36 Å / Num. obs: 23135 / % possible obs: 100 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.575 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→42.17 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 692 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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