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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rez | ||||||
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タイトル | glycoprotein GPIb variant | ||||||
要素 | Platelet glycoprotein Ib beta chain, Platelet glycoprotein IX | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / platelet surface receptor / Glycoprotein (糖タンパク質) / GP1BB and GPIX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycoprotein Ib-IX-V complex / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / plasma membrane => GO:0005886 / Platelet Aggregation (Plug Formation) / release of sequestered calcium ion into cytosol ...glycoprotein Ib-IX-V complex / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / plasma membrane => GO:0005886 / Platelet Aggregation (Plug Formation) / release of sequestered calcium ion into cytosol / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / 凝固・線溶系 / 凝固・線溶系 / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / 細胞接着 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Blood / 年: 2011 タイトル: Quaternary organization of GPIb-IX complex and insights into Bernard-Soulier syndrome revealed by the structures of GPIb beta and a GPIb beta/GPIX chimera 著者: McEwan, P.A. / Yang, W. / Carr, K.H. / Mo, X. / Zheng, X. / Li, R. / Emsley, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rez.cif.gz | 192.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rez.ent.gz | 161.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3rez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3rez | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 14087.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GP1BB and GPIX chimeria / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP1BB, GP9 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P13224, UniProt: P14770 |
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-糖 , 3種, 7分子
#2: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 糖 | ChemComp-FUL / | #5: 糖 | ChemComp-MAN / | |
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-非ポリマー , 2種, 280分子
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 5 (MMT buffer is a mixture of DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios 1:2:2 DL-malic acid:MES:Tris base), 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: MARC MOSAIC3 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→62.36 Å / Num. obs: 23135 / % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→42.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 16.842 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.51 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.575 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.17 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 692 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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