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- PDB-4wkx: Reversible S-Nitrosylation in an Engineered Mutant of Pseudomonas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wkx | ||||||
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Title | Reversible S-Nitrosylation in an Engineered Mutant of Pseudomonas aeruginosa Azurin with Red Copper Site | ||||||
![]() | Azurin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / protein engineering / Red copper site / S-nitrosylation | ||||||
Function / homology | ![]() transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tian, S. / Lu, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Reversible S-Nitrosylation in an Engineered Mutant of Pseudomonas aeruginosa Azurin with Red Copper Site Authors: Tian, S. / Lu, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 67.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 48.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 440.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 13959.717 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H66E, M141H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 25% PEG 4000, 100 mM LiNO3, 10 mM CuSO4 and 100 mM Tris PH range: 8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→50 Å / Num. obs: 24998 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 0.896 / Net I/av σ(I): 21.5 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 310962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.17 Å2 / Biso mean: 19.7 Å2 / Biso min: 7.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.94→41.373 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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