+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ox8 | ||||||
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Title | Target-bound SpCas9 complex with TRAC full RNA guide | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / Cas9 / CRISPR / sgRNA / TRAC / nuclease | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Donohoue, P. / Pacesa, M. / Lau, E. / Vidal, B. / Irby, M.J. / Nyer, D.B. / Rotstein, T. / Banh, L. / Toh, M.T. / Gibson, J. ...Donohoue, P. / Pacesa, M. / Lau, E. / Vidal, B. / Irby, M.J. / Nyer, D.B. / Rotstein, T. / Banh, L. / Toh, M.T. / Gibson, J. / Kohrs, B. / Baek, K. / Owen, A.L.G. / Slorach, E.M. / van Overbeek, M. / Fuller, C.K. / May, A.P. / Jinek, M. / Cameron, P. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2021 Title: Conformational control of Cas9 by CRISPR hybrid RNA-DNA guides mitigates off-target activity in T cells. Authors: Donohoue, P.D. / Pacesa, M. / Lau, E. / Vidal, B. / Irby, M.J. / Nyer, D.B. / Rotstein, T. / Banh, L. / Toh, M.S. / Gibson, J. / Kohrs, B. / Baek, K. / Owen, A.L.G. / Slorach, E.M. / van ...Authors: Donohoue, P.D. / Pacesa, M. / Lau, E. / Vidal, B. / Irby, M.J. / Nyer, D.B. / Rotstein, T. / Banh, L. / Toh, M.S. / Gibson, J. / Kohrs, B. / Baek, K. / Owen, A.L.G. / Slorach, E.M. / van Overbeek, M. / Fuller, C.K. / May, A.P. / Jinek, M. / Cameron, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ox8.cif.gz | 833.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ox8.ent.gz | 563.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ox8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7ox8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7ox8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ox7C 7ox9C 7oxaC 5fq5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8574.544 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 3677.415 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-RNA chain / Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: RNA chain | Mass: 27133.156 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#2: Protein | Mass: 158875.031 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D10A, H840A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) Gene: cas9, csn1, SPy_1046 / Plasmid: pMJ841 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2(DE3) References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-Non-polymers , 3 types, 151 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 15, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→47.91 Å / Num. obs: 54164 / % possible obs: 98.89 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 69.26 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1792 / Net I/σ(I): 8.53 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.848 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.958 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 5394 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 99.13 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FQ5 Resolution: 2.75→47.91 Å / SU ML: 0.4166 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.5346 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 82.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→47.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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