PDB-7nq6: High resolution crystal structure of C-terminal domain (residues ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nq6

タイトル

High resolution crystal structure of C-terminal domain (residues 715-866) of Nucleoporin-98

要素

Nuclear pore complex protein Nup96

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Nup98 / 1.5A resolution

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / nuclear pore / protein transport / nuclear membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Trakhanov, S. / Goerlich, D. / Huyton, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution crystal structure of C-terminal domain (residues 715-866) of Nucleoporin-98
著者: Trakhanov, S. / Huyton, T. / Goerlich, D.

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nq6.cif.gz	131.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nq6.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nq6_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nq6_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	7nq6_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	7nq6_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e0qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5d5g-2 2p13-d 2q5y-1 6drq-d 3szm-5 3shv-1 2ygv-3 2i59-d 3so8-d 3k05-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Nuclear pore complex protein Nup96

ヘテロ分子

17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.070, 72.070, 91.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Nuclear pore complex protein Nup96 / Nuclear pore complex protein Nup98 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin Nup96 / ...Nuclear pore complex protein Nup98 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin Nup96 / Nucleoporin Nup98 分子量: 17275.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) 遺伝子: nup98 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: F6ZMG3
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: rods
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 8% (v/w) PEG 6000, 8% (v/v) 2-methy-2,4-pentanediol, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日 / 詳細: Dynamically bendable mirrow
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.6 Å / Num. obs: 39371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 90.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.85 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 33.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 37.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2857 / CC_1/2: 0.42 / R_pim(I) all: 1.1 / R_rim(I) all: 0.47 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5E0Q

5e0q

解像度: 1.5→44.56 Å / SU ML: 0.1976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.694
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1919	1969	5 %
R_work	0.1712	37401	-
obs	0.1722	39370	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1215	0	14	215	1444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9622	1727
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0604	186
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	229
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2516	1064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.3595	138	0.3316	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.58	0.2712	138	0.2815	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.58-1.63	0.3007	137	0.2525	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.63-1.68	0.2635	138	0.2292	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.74	0.2691	140	0.2147	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.74-1.81	0.2103	138	0.1958	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.81-1.89	0.2078	140	0.1876	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.99	0.212	138	0.1721	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.11	0.1961	142	0.1665	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.28	0.1622	140	0.1612	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.51	0.1758	141	0.1515	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.87	0.1565	142	0.1511	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.61	0.1899	144	0.1569	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-44.56	0.1775	153	0.1588	2887	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.30773854224	-3.8888569016	0.522428114953	4.82248289443	0.35638620593	3.97405624064	-0.0951642077951	0.421333265141	-0.415662558014	-0.203859911029	0.106470369346	0.505213966943	0.621093272638	-0.491322761519	-0.0928274563399	0.374195126229	-0.10869052732	-0.0292972872797	0.249306539977	-0.0181002525972	0.228896516976	-10.8936446233	17.6256355066	-12.0618823078
2	6.36901853998	5.45358460789	-1.73564415923	8.56396188073	-3.33489619481	6.81449189396	-0.110649348325	-0.106564678434	-0.851333340688	0.00462866540865	-0.0790180916843	-0.426793710315	0.574408734007	0.0410216011914	0.205762026396	0.291205100418	0.0074110410622	0.0190621336396	0.179163095507	0.0303479778269	0.29969831461	-4.85862302637	13.9354901584	-3.9856199541
3	3.08396083691	1.99819850737	-1.38336141177	3.59211482514	-1.6762588539	1.80365772134	0.0126699672644	-0.14690937582	-0.186923064776	-0.100684938658	-0.026797407039	0.133703807718	0.289219879552	-0.139627061851	0.0633731772663	0.205970321795	-0.0591202905056	-0.0120796267609	0.200635741644	0.0203204987842	0.162289460695	-10.3904232779	19.9724231313	-2.42608063456
4	5.43371949844	-0.493518101972	3.92703987898	2.53736374522	0.426170821673	3.10114164505	0.137165244901	-0.106999129557	0.0696471355475	0.0124504287441	0.00409421111704	0.35538992619	-0.229630703457	-0.658202490734	-0.0302271885944	0.164286214434	0.0305021211687	-0.0065922081905	0.261903228037	0.0200833010091	0.168059273539	-12.3269882171	32.885243004	-8.22571588221
5	3.14750924314	0.491520952956	0.28575259383	1.15479409947	1.07371264228	1.00632191917	0.220588490169	-0.497539487866	0.301068404816	0.259887351625	-0.498238532498	0.732981981053	0.278337471779	-1.1815011529	0.0965610897402	0.187945028275	-0.0872255859383	0.0290611050456	0.575725199609	-0.0425876360134	0.327444980997	-18.8126242751	27.0806787879	1.1418230354
6	3.0188272718	2.43910939117	-3.04952686298	2.6133335774	-1.81845499126	3.65209527374	-0.0555780274945	0.171653433762	0.258572000605	-0.138510981097	0.0654754426445	0.0321792007275	-0.238903729937	0.17810964223	-0.11175808296	0.226862051163	-0.0838333022544	-0.038671792932	0.349284040327	0.0825954963693	0.240409146275	7.5121565847	40.3211224855	-5.10369707874
7	6.65578437921	-1.87957339255	-4.64979973732	7.87709688914	3.43921590646	3.89839321963	-0.293021065331	-0.523565017887	0.160655405654	0.324863556692	0.286618551192	-0.456275264356	0.00433878954712	1.00647032268	-0.0412939657468	0.262633829582	-0.114181103372	-0.0505954498092	0.38845918563	0.0327711136435	0.245318955864	13.2866813815	45.3989957413	4.2842125782
8	9.97391234524	-3.47668202598	-5.72043549359	4.27388215735	3.45090983748	4.12266891646	0.0335666587946	0.218320898832	0.366908079041	-0.0117078739036	-0.00360283085054	-0.0926721350906	-0.581032923223	0.0210639905329	-0.0618881496295	0.207263293603	-0.0114947585792	-0.0544815676453	0.190154811203	0.0587069037037	0.258052040575	-0.615608107949	44.7906406829	5.59093585963
9	7.39040115678	0.369195897552	1.96432004227	2.99629976343	0.938784833148	4.18549780171	-0.0500688952918	0.192308508123	0.233365219173	0.0245872594173	-0.0994047590929	0.107531478376	-0.086935138056	-0.194736509155	0.105789394185	0.152100647278	-0.0243676129836	-0.0168660351608	0.173193549917	0.0248930471234	0.152802288772	-2.04571954721	35.4748539468	4.22109198757

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 715 through 726 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 727 through 738 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 739 through 781 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 782 through 793 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 794 through 804 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 805 through 825 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 826 through 833 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 834 through 844 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 845 through 866 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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