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- PDB-3szm: STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN C... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3szm | ||||||
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Title | STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE | ||||||
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![]() | CELL CYCLE/Peptide / DNA REPAIR / CELL CYCLE-Peptide complex | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of chromosome condensation / chromatin-protein adaptor activity / neuronal stem cell population maintenance / regulation of centrosome cycle / XY body / protein localization to site of double-strand break / protein localization to centrosome / response to ionizing radiation / establishment of mitotic spindle orientation / site of DNA damage ...regulation of chromosome condensation / chromatin-protein adaptor activity / neuronal stem cell population maintenance / regulation of centrosome cycle / XY body / protein localization to site of double-strand break / protein localization to centrosome / response to ionizing radiation / establishment of mitotic spindle orientation / site of DNA damage / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / nucleosomal DNA binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / condensed nuclear chromosome / DNA damage checkpoint signaling / meiotic cell cycle / PRC2 methylates histones and DNA / replication fork / male germ cell nucleus / Defective pyroptosis / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / double-strand break repair via homologous recombination / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / bone development / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / cellular senescence / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic cell cycle / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / regulation of inflammatory response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / spermatogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / damaged DNA binding / nuclear speck / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / centrosome / DNA damage response / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, N. / Thompson, J.R. / Mer, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Dual recognition of phosphoserine and phosphotyrosine in histone variant H2A.X by DNA damage response protein MCPH1. Authors: Singh, N. / Basnet, H. / Wiltshire, T.D. / Mohammad, D.H. / Thompson, J.R. / Heroux, A. / Botuyan, M.V. / Yaffe, M.B. / Couch, F.J. / Rosenfeld, M.G. / Mer, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 882.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 781.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21949.551 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: C-TERMINAL TANDEM BRCT DOMAINS, RESIDUES 640-835 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1235.236 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.25 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: 20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Detector: CCD / Date: Feb 15, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0079 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.63→50 Å / Num. obs: 59208 / % possible obs: 90.2 % / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.57 |
Reflection shell | Resolution: 2.63→2.74 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.43 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.63→31.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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