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Yorodumi- PDB-3szm: STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN C... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3szm | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE/Peptide / DNA REPAIR / CELL CYCLE-Peptide complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of chromosome condensation / neuronal stem cell population maintenance / regulation of centrosome cycle / XY body / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / protein localization to centrosome / response to ionizing radiation / establishment of mitotic spindle orientation / site of DNA damage ...regulation of chromosome condensation / neuronal stem cell population maintenance / regulation of centrosome cycle / XY body / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / protein localization to centrosome / response to ionizing radiation / establishment of mitotic spindle orientation / site of DNA damage / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / replication fork / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / condensed nuclear chromosome / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / double-strand break repair via homologous recombination / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / bone development / G2/M DNA damage checkpoint / cerebral cortex development / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / double-strand break repair / mitotic cell cycle / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of inflammatory response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / spermatogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / Estrogen-dependent gene expression / damaged DNA binding / nuclear speck / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / DNA damage response / centrosome / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.63 Å | ||||||
Authors | Singh, N. / Thompson, J.R. / Mer, G. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012Title: Dual recognition of phosphoserine and phosphotyrosine in histone variant H2A.X by DNA damage response protein MCPH1. Authors: Singh, N. / Basnet, H. / Wiltshire, T.D. / Mohammad, D.H. / Thompson, J.R. / Heroux, A. / Botuyan, M.V. / Yaffe, M.B. / Couch, F.J. / Rosenfeld, M.G. / Mer, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3szm.cif.gz | 886.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3szm.ent.gz | 760.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3szm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21949.551 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: C-TERMINAL TANDEM BRCT DOMAINS, RESIDUES 640-835 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MCPH1 / Plasmid: PTEV / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1235.236 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P16104#3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: 20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 1.0079 / Wavelength: 1.0079 Å |
| Detector | Detector: CCD / Date: Feb 15, 2007 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0079 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.63→50 Å / Num. obs: 59208 / % possible obs: 90.2 % / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.57 |
| Reflection shell | Resolution: 2.63→2.74 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.63→31.37 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.96 / Phase error: 26.08 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.43 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.63→31.37 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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