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- PDB-4ooi: Reduced HlyU from Vibrio cholerae N16961 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ooi
タイトルReduced HlyU from Vibrio cholerae N16961
要素Transcriptional activator HlyU
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Winged helix / DNA-binding domain / Hemolysin gene transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator HlyU
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mukherjee, D. / Datta, A.B. / Chakrabarti, P.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of HlyU, the hemolysin gene transcription activator, from Vibrio cholerae N16961 and functional implications
著者: Mukherjee, D. / Datta, A.B. / Chakrabarti, P.
履歴
登録2014年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator HlyU
B: Transcriptional activator HlyU
C: Transcriptional activator HlyU
D: Transcriptional activator HlyU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8874
ポリマ－50,8874
非ポリマー00
水1,02757
1
A: Transcriptional activator HlyU
B: Transcriptional activator HlyU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4442
ポリマ－25,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional activator HlyU
D: Transcriptional activator HlyU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4442
ポリマ－25,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.372, 41.721, 86.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional activator HlyU


分子量: 12721.831 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: serotype O1 str. N16961 / 遺伝子: hlyU, VC_0678 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52695
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.05M potassium phosphate monobasic, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月5日
放射モノクロメーター: Osmic Confocal Max-Flux optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.19 Å / Num. all: 18975 / Num. obs: 18570 / % possible obs: 97.49 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.2→2.316 Å / 冗長度: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1744 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JTH

3jth


解像度: 2.2→34.19 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3078 961 5.18 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.2607 18975 --
obs0.2607 18570 96.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 0 57 3062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6124068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6881168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001507
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.3160.41351400.4002240893
2.316-2.46110.46811290.3992248396
2.4611-2.6510.35591210.3884248896
2.651-2.91770.43981450.3549251697
2.9177-3.33950.33371350.3012254297
3.3395-4.20630.29721340.2238257398
4.2063-34.19660.24851570.2001259997
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.5314 Å / Origin y: 17.5686 Å / Origin z: 19.1269 Å
111213212223313233
T0.2395 Å2-0.0353 Å2-0.0884 Å2-0.2583 Å20.1203 Å2--0.23 Å2
L1.3295 °2-0.2726 °2-0.8401 °2-0.6388 °20.6629 °2--1.7007 °2
S0.0055 Å °-0.0958 Å °0.1666 Å °0.0338 Å °0.0654 Å °0.1538 Å °0.1044 Å °-0.2568 Å °-0.0513 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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