+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k2e | ||||||
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Title | HlyU from Vibrio cholerae N16961 | ||||||
Components | Transcriptional activator HlyU | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION ACTIVATOR / Winged helix / DNA-binding domain / Hemolysin gene transcription regulator / DNA / S-HYDROXYCYSTEINE | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Mukherjee, D. / Datta, A.B. / Chakrabarti, P. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2014 Title: Crystal structure of HlyU, the hemolysin gene transcription activator, from Vibrio cholerae N16961 and functional implications. Authors: Mukherjee, D. / Datta, A.B. / Chakrabarti, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4k2e.cif.gz | 169.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4k2e.ent.gz | 136.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4k2e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4k2e_validation.pdf.gz | 452.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4k2e_full_validation.pdf.gz | 457.8 KB | Display | |
Data in XML | 4k2e_validation.xml.gz | 17.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4k2e_validation.cif.gz | 24.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ooiC 3jthS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12737.831 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) / Strain: N16961 / Gene: hlyU, VC_0678 / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P52695 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20% PEG 8000, 0.05M potassium phosphate monobasic, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 16, 2012 |
Radiation | Monochromator: Osmic Confocal Max-Flux optic / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→26.531 Å / Num. all: 36629 / Num. obs: 36262 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.75 % / Biso Wilson estimate: 37.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 2.69 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.86 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3JTH Resolution: 1.8→26.53 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2 / Phase error: 28.22 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→26.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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