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- PDB-3cuo: Crystal structure of the predicted DNA-binding transcriptional re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cuo
タイトルCrystal structure of the predicted DNA-binding transcriptional regulator from E. coli
要素Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / DNA-binding transcriptional regulator / Structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable HTH-type transcriptional regulator YgaV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, R. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the predicted DNA-binding transcriptional regulator from E. coli.
著者: Zhang, R. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV
C: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV
D: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4334
ポリマ－42,4334
非ポリマー00
水86548
1
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2172
ポリマ－21,2172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-40.7 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV
D: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2172
ポリマ－21,2172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-31.2 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.994, 39.632, 56.279
Angle α, β, γ (deg.)95.93, 95.78, 97.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygaV


分子量: 10608.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / MG1655 / 遺伝子: ygaV, b2667, JW2642, GI:1789021 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P77295
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4M Na Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→55.64 Å / Num. all: 21704 / Num. obs: 19625 / % possible obs: 90.42 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.06
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1678 / % possible all: 67.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 13.372 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.234
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28875 1041 5 %RANDOM
Rwork0.2274 ---
all0.23051 19625 --
obs0.23051 19625 90.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-3.06 Å2-2.25 Å2
2--0.64 Å21.3 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2866 0 0 48 2914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8491.9883886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10334788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4485381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2124.112107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.63415549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9441524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0850.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5110.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.531.52445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2741.5778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87423030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44231039
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6644.5856
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 58 -
Rwork0.226 1075 -
obs-1133 67.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.726 Å / Origin y: 14.385 Å / Origin z: -13.474 Å
111213212223313233
T-0.0826 Å2-0.0552 Å2-0.0517 Å2--0.094 Å20.0416 Å2---0.1029 Å2
L0.7012 °20.4087 °20.3735 °2-1.0714 °2-0.3215 °2--1.0682 °2
S-0.1196 Å °0.0913 Å °0.0648 Å °-0.1539 Å °-0.0266 Å °0.0093 Å °-0.1479 Å °0.1486 Å °0.1462 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 381 - 38
2X-RAY DIFFRACTION1AA39 - 7039 - 70
3X-RAY DIFFRACTION1AA71 - 9871 - 98
4X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 381 - 38
5X-RAY DIFFRACTION1BB39 - 7039 - 70
6X-RAY DIFFRACTION1BB71 - 9871 - 98
7X-RAY DIFFRACTION1CC8 - 338 - 33
8X-RAY DIFFRACTION1CC39 - 7039 - 70
9X-RAY DIFFRACTION1CC71 - 9771 - 97
10X-RAY DIFFRACTION1DD10 - 3810 - 38
11X-RAY DIFFRACTION1DD39 - 7039 - 70
12X-RAY DIFFRACTION1DD71 - 9571 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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