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Yorodumi- PDB-7ndj: Crystal structure of ZC3H12C PIN-CCCH Zn Finger domain with RNA h... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ndj | ||||||
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Title | Crystal structure of ZC3H12C PIN-CCCH Zn Finger domain with RNA heptamer | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Endo-ribonuclease / Regnase | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA endonuclease activity / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Hydrolases; Acting on ester bonds / mRNA binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.649 Å | ||||||
Authors | Garg, A. / Heinemann, U. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 Title: PIN and CCCH Zn-finger domains coordinate RNA targeting in ZC3H12 family endoribonucleases. Authors: Garg, A. / Roske, Y. / Yamada, S. / Uehata, T. / Takeuchi, O. / Heinemann, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ndj.cif.gz | 178.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ndj.ent.gz | 139.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ndj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ndj_validation.pdf.gz | 1001.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7ndj_full_validation.pdf.gz | 1003.4 KB | Display | |
Data in XML | 7ndj_validation.xml.gz | 19.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7ndj_validation.cif.gz | 29.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ndhC 7ndiSC 7ndkC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / RNA chain , 2 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 22488.010 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Zc3h12c, Kiaa1726 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q5DTV4, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | | Mass: 2144.283 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 387 molecules
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 18% PEG 3350 and 0.2 M NaF pH 6.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.649→44.723 Å / Num. obs: 53908 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.04 |
Reflection shell | Resolution: 1.649→1.75 Å / Num. unique obs: 8680 / CC1/2: 0.758 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7NDI Resolution: 1.649→44.723 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.66 Å2 / Biso mean: 36.1081 Å2 / Biso min: 15.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.649→44.723 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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