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- PDB-5yfg: SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN MOG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yfg
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF HUMAN MOG1
要素Ran guanine nucleotide release factor
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CENTRAL BETA SHEET / ALTERNATIVE SPLICING / CYTOPLASM / GUANINE-NUCLEOTIDE RELEASING FACTOR / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bundle of His cell action potential / regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / protein exit from endoplasmic reticulum / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of membrane depolarization / positive regulation of protein localization to cell surface / heart contraction / Phase 0 - rapid depolarisation ...regulation of bundle of His cell action potential / regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / protein exit from endoplasmic reticulum / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of membrane depolarization / positive regulation of protein localization to cell surface / heart contraction / Phase 0 - rapid depolarisation / intercalated disc / sodium channel regulator activity / mitotic spindle assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / rough endoplasmic reticulum / regulation of heart rate / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of membrane potential / positive regulation of protein localization to plasma membrane / caveola / small GTPase binding / protein import into nucleus / transmembrane transporter binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-interacting Mog1 protein / Ran-interacting Mog1 protein / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich
類似検索 - ドメイン・相同性
Ran guanine nucleotide release factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, DISTANCE GEOMETRY / torsion angle dynamics
データ登録者Hu, Q. / Liu, Y. / Bao, X. / Liu, H.
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2018
タイトル: Mitosis-specific acetylation tunes Ran effector binding for chromosome segregation
著者: Bao, X. / Liu, H. / Liu, X. / Ruan, K. / Zhang, Y. / Zhang, Z. / Hu, Q. / Liu, Y. / Akram, S. / Zhang, J. / Gong, Q. / Wang, W. / Yuan, X. / Li, J. / Zhao, L. / Dou, Z. / Tian, R. / Yao, X. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2017年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ran guanine nucleotide release factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5231
ポリマ－21,5231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11940 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ran guanine nucleotide release factor / RanGNRF / Ran-binding protein MOG1


分子量: 21523.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RANGRF, MOG1, RANGNRF, HSPC165, HSPC236, MDS5 / プラスミド: PET22B+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HD47

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
133isotropic12D 1H-1H TOCSY
143isotropic12D 1H-1H NOESY
153isotropic13D HNCO
163isotropic13D CBCA(CO)NH
173isotropic13D CBCANH
183isotropic13D HNCA
193isotropic13D HN(CO)CA
1103isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1113isotropic13D (H)CCH-COSY
1123isotropic13D C(CO)NH-TOCSY
1133isotropic13D HC(CO)NH-TOCSY
1143isotropic13D HBHA(CO)NH
1153isotropic13D 1H-15N NOESY
1163isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.9 mM [U-99% 15N] Mog1, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
solution20.9 mM [U-13C] Mog1, 90% H2O/10% D2O13C90% H2O/10% D2O
solution30.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Mog1, 100% D2O13C 15N100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMMog1[U-99% 15N]1
0.9 mMMog1[U-13C]2
0.9 mMMog1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: 1 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES, READ精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
精密化
手法ソフトェア番号
SIMULATED ANNEALING, DISTANCE GEOMETRY1
torsion angle dynamics7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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