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- PDB-6m6r: Crystal structure of Caenorhabditis elegans Dicer-related helicas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6r
タイトルCrystal structure of Caenorhabditis elegans Dicer-related helicase 3 (DRH-3) C-terminal domain with 5'-ppp 8-mer ssRNA
要素
  • Dicer Related Helicase
  • RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA Interference (RNAi) / RNA Helicase / HYDROLASE / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / ISG15 antiviral mechanism / metaphase plate / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Ub-specific processing proteases / P granule assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / P granule ...Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / ISG15 antiviral mechanism / metaphase plate / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Ub-specific processing proteases / P granule assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / P granule / RNA polymerase binding / condensed nuclear chromosome / helicase activity / double-stranded RNA binding / single-stranded RNA binding / innate immune response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Helicase ATP-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Li, K. / Zheng, J. / Wirawan, M. / Xiong, Z. / Fedorova, O. / Griffin, P. / Plyle, A. / Luo, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Insights into the structure and RNA-binding specificity of Caenorhabditis elegans Dicer-related helicase 3 (DRH-3).
著者: Li, K. / Zheng, J. / Wirawan, M. / Trinh, N.M. / Fedorova, O. / Griffin, P.R. / Pyle, A.M. / Luo, D.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
A: Dicer Related Helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0873
ポリマ－23,0222
非ポリマー651
水2,234124
1
B: RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
A: Dicer Related Helicase
ヘテロ分子

B: RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
A: Dicer Related Helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1756
ポリマ－46,0444
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.843, 56.843, 131.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1326-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2676.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Dicer Related Helicase


分子量: 20345.457 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: drh-3, CELE_D2005.5, D2005.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93413
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2819 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→43.04 Å / Num. obs: 17289 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.715 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 984 / CC1/2: 0.378 / Rrim(I) all: 1.95 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.89→43.036 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 825 4.78 %
Rwork0.1777 --
obs0.1797 17265 95.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→43.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 178 1 124 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9912185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8311307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-2.00810.26211270.24442555X-RAY DIFFRACTION92
2.0081-2.16320.2191320.19762658X-RAY DIFFRACTION95
2.1632-2.38080.26891310.17842701X-RAY DIFFRACTION96
2.3808-2.72530.22191460.18182730X-RAY DIFFRACTION96
2.7253-3.43340.21391460.17892790X-RAY DIFFRACTION97
3.4334-43.030.20711430.16223006X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.581-0.1444-0.73150.37450.16861.039-0.662-0.12520.77340.4294-0.23470.0437-0.45730.1041-0.19110.5990.1697-0.25470.4283-0.06630.65527.346829.38393.5067
20.2404-0.14170.11360.0721-0.0720.1213-0.092-0.31010.27520.50780.0803-0.0867-0.0281-0.06610.00330.221-0.0002-0.02890.2461-0.0560.246228.69720.797226.8874
30.8697-0.1125-0.28680.2617-0.05490.43390.0995-0.0505-0.08210.0542-0.03080.01730.0415-0.084100.15410.0111-0.03620.18560.02110.152123.03077.806912.1807
40.1418-0.0925-0.20071.74410.0920.23260.3435-0.41060.2156-0.2452-0.37840.029-0.04470.4883-0.03690.239-0.06650.03950.44190.0030.173329.18159.7378-7.8729
50.30910.2436-0.45690.41690.14791.21830.10640.2427-0.06810.07470.05490.01120.0846-0.0560.00050.16080.0112-0.02340.25570.00220.19624.03047.25573.202
61.62450.0260.74690.46520.48291.98990.0606-0.06070.07440.08740.0295-0.01810.1129-0.05240.03860.09760.00250.00870.15060.03820.161126.346212.359116.2076
72.563-0.01750.2712.11220.94262.43760.12560.4323-0.3117-0.12-0.0558-0.36610.50850.35590.61970.22920.0466-0.02160.3594-0.06350.222929.97411.5368-8.3506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 8 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 940 through 948 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 949 through 986 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 987 through 998 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 999 through 1029 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1030 through 1077 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1078 through 1105 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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