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- PDB-7ndi: Crystal structure of ZC3H12C PIN domain with Mg2+ Ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ndi
タイトルCrystal structure of ZC3H12C PIN domain with Mg2+ Ion
要素Probable ribonuclease ZC3H12C
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Endo-ribonuclease / Regnase
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rege-1, UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ZC3H12, C-terminal domain / UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ ZC3H12 C-terminal domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Rossmann fold - #11980 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...Rege-1, UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ZC3H12, C-terminal domain / UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ ZC3H12 C-terminal domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Rossmann fold - #11980 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ribonuclease ZC3H12C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.875 Å
データ登録者Garg, A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: PIN and CCCH Zn-finger domains coordinate RNA targeting in ZC3H12 family endoribonucleases.
著者: Garg, A. / Roske, Y. / Yamada, S. / Uehata, T. / Takeuchi, O. / Heinemann, U.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ribonuclease ZC3H12C
B: Probable ribonuclease ZC3H12C
C: Probable ribonuclease ZC3H12C
D: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,48114
ポリマ－77,1284
非ポリマー35210
水3,693205
1
A: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4545
ポリマ－19,2821
非ポリマー1714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3062
ポリマ－19,2821
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3914
ポリマ－19,2821
非ポリマー1093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3293
ポリマ－19,2821
非ポリマー472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.701, 114.701, 257.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASPASPchain AAA131 - 2951 - 165
2ASPASPchain BBB131 - 2951 - 165
3ASPASPchain CCC131 - 2951 - 165
4GLYGLYchain DDD132 - 2952 - 165

-
要素

#1: タンパク質
Probable ribonuclease ZC3H12C / Zinc finger CCCH domain-containing protein 12C


分子量: 19282.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zc3h12c, Kiaa1726 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5DTV4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M LiCl, 50 mM MgSO4 and 8% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→48.77 Å / Num. obs: 45274 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 5.77 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.44
反射 シェル解像度: 2.875→2.978 Å / Num. unique obs: 4314 / CC1/2: 0.717

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3v34

3v34


解像度: 2.875→48.767 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 2096 4.63 %
Rwork0.1918 43149 -
obs0.1928 45245 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.65 Å2 / Biso mean: 59.82 Å2 / Biso min: 44.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.875→48.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5370 0 19 205 5594
Biso mean--74.36 63.16 -
残基数----659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6827411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.22108
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3226X-RAY DIFFRACTION8.22TORSIONAL
12B3226X-RAY DIFFRACTION8.22TORSIONAL
13C3226X-RAY DIFFRACTION8.22TORSIONAL
14D3226X-RAY DIFFRACTION8.22TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8752-2.9420.36871330.3278273096
2.942-3.01560.32261380.31632843100
3.0156-3.09710.35091370.28022841100
3.0971-3.18820.30291380.26092832100
3.1882-3.29110.28711370.24252832100
3.2911-3.40870.30821380.25862841100
3.4087-3.54520.25041390.24222863100
3.5452-3.70650.25571400.20862885100
3.7065-3.90180.24931390.19892856100
3.9018-4.14610.16761400.17642888100
4.1461-4.46610.16921400.14912874100
4.4661-4.91510.14121410.13392904100
4.9151-5.62540.18031420.14622916100
5.6254-7.0840.17561440.16992957100
7.084-48.7670.17811500.1655308799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 107.1049 Å / Origin y: 85.0175 Å / Origin z: 21.2785 Å
111213212223313233
T0.6382 Å2-0.0413 Å20.0405 Å2-0.2215 Å2-0.003 Å2--0.8617 Å2
L0.4993 °20.0841 °20.2541 °2-0.7148 °20.3699 °2--0.7879 °2
S-0.3044 Å °-0.0664 Å °-0.0635 Å °0.0594 Å °0.29 Å °0.0187 Å °0.0528 Å °-0.111 Å °-0.0221 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA131 - 295
2X-RAY DIFFRACTION1allB131 - 295
3X-RAY DIFFRACTION1allC131 - 295
4X-RAY DIFFRACTION1allD132 - 295
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allG5 - 258
7X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 3
8X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 2
9X-RAY DIFFRACTION1allI3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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