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万見
- PDB-4tlf: Crystal structure of Thiol dioxygenase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tlf
タイトルCrystal structure of Thiol dioxygenase from Pseudomonas aeruginosa
要素3-mercaptopropionate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / thiol dioxygenase / cysteine dioxygenase / 3-MPA dioxygenase / non-heme mono-iron / Cupin
機能・相同性
機能・相同性情報


3-mercaptopropionate dioxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / ferrous iron binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich ...ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-mercaptopropionate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.137 Å
データ登録者Fellner, M. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Cysteine Dioxygenase Homologue from Pseudomonas aeruginosa Is a 3-Mercaptopropionate Dioxygenase.
著者: Tchesnokov, E.P. / Fellner, M. / Siakkou, E. / Kleffmann, T. / Martin, L.W. / Aloi, S. / Lamont, I.L. / Wilbanks, S.M. / Jameson, G.N.
履歴
登録2014年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32020年12月30日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / diffrn_source ...audit_author / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_keywords
Item: _audit_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._audit_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_keywords.text
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-mercaptopropionate dioxygenase
B: 3-mercaptopropionate dioxygenase
C: 3-mercaptopropionate dioxygenase
D: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3348
ポリマ－95,1104
非ポリマー2234
水10,863603
1
A: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8332
ポリマ－23,7781
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8332
ポリマ－23,7781
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8332
ポリマ－23,7781
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8332
ポリマ－23,7781
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.942, 66.942, 377.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
詳細The biological unit is a monomer. Chain A show the best electron density maps.

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要素

#1: タンパク質
3-mercaptopropionate dioxygenase / Thiol dioxygenase


分子量: 23777.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA2602, NC002516.2 / プラスミド: pPR-IBA1/PA2602/P.aeruginosa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9I0N5, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 200mM sodium acetate, 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.137→377.354 Å / Num. obs: 49221 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 23.83 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 5.095 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 665020
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.14-2.2513.30.3711.99207869400.1150.3717.798.7
2.25-2.3914.20.2712.79482966850.0770.2719.6100
2.39-2.5514.30.2013.78980962590.0570.20111.4100
2.55-2.7613.80.1674.48083858670.0490.16713.8100
2.76-3.0214.10.126.17682654560.0340.1217.6100
3.02-3.3813.80.09976839449670.0280.09922.3100
3.38-3.912.40.0976.95486744070.030.09725.1100
3.9-4.7812.70.0867.74854938130.0250.08627.8100
4.78-6.7612.40.0787.83741330190.0240.07825.4100
6.76-47.16911.80.0619.32141718080.0190.06124.799.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.7 Å47.17 Å
Translation7.7 Å47.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3USS

3uss


解像度: 2.137→44.302 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 2478 5.06 %
Rwork0.198 85851 -
obs0.2007 49221 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.71 Å2 / Biso mean: 26.1322 Å2 / Biso min: 6.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.137→44.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6219 0 4 603 6826
Biso mean--26.01 31.31 -
残基数----781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1688687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6412373
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2752X-RAY DIFFRACTION6.754TORSIONAL
12B2752X-RAY DIFFRACTION6.754TORSIONAL
13C2752X-RAY DIFFRACTION6.754TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1369-2.16120.33881270.27012725285294
2.1612-2.18660.34321840.238627652949100
2.1866-2.21330.27221240.247529323056100
2.2133-2.24130.37791560.28612861301799
2.2413-2.27080.38911480.30922801294999
2.2708-2.30190.24461530.221629563109100
2.3019-2.33480.27951680.211227532921100
2.3348-2.36970.33111680.221529043072100
2.3697-2.40670.30521810.22728313012100
2.4067-2.44610.27851840.204128223006100
2.4461-2.48830.27021460.20129523098100
2.4883-2.53360.3061610.204127912952100
2.5336-2.58230.30091770.208829113088100
2.5823-2.6350.25241380.2128512989100
2.635-2.69230.25291480.203528482996100
2.6923-2.75490.24011710.192128553026100
2.7549-2.82380.28311120.195129293041100
2.8238-2.90010.2681210.187229273048100
2.9001-2.98540.23941620.18628342996100
2.9854-3.08180.23011120.191728953007100
3.0818-3.19190.21061680.190329023070100
3.1919-3.31960.24331270.191328682995100
3.3196-3.47070.21511280.187828943022100
3.4707-3.65360.25161800.192628533033100
3.6536-3.88240.21271870.192128263013100
3.8824-4.18190.25141760.189228763052100
4.1819-4.60240.20541710.167328162987100
4.6024-5.26740.21331200.16429313051100
5.2674-6.63280.20281280.194728823010100
6.6328-44.31150.21991530.182860301399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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