PDB-4f1l: Human Artd8 (Parp14, Bal2) - catalytic domain in complex with inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f1l

タイトル

Human Artd8 (Parp14, Bal2) - catalytic domain in complex with inhibitor A16(Z)

要素

Poly [ADP-ribose] polymerase 14

キーワード

Transferase/Transferase inhibitor / NAD / ADP-RIBOSE / PARP14 / BAL2 / ARTD8 / ARTD Transferase domain / ADP-ribosylation / Transferase-Transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Karlberg, T. / Andersson, C.D. / Lindgren, A. / Spjut, S. / Thorsell, A.G. / Ekblad, T. / Weigelt, J. / Elofsson, M. / Linusson, A. / Schuler, H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of Ligands for ADP-Ribosyltransferases via Docking-Based Virtual Screening.
著者: Andersson, C.D. / Karlberg, T. / Ekblad, T. / Lindgren, A.E. / Thorsell, A.G. / Spjut, S. / Uciechowska, U. / Niemiec, M.S. / Wittung-Stafshede, P. / Weigelt, J. / Elofsson, M. / Schuler, H. / Linusson, A.

履歴

登録	2012年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f1l.cif.gz	304.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f1l.ent.gz	249.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f0eC 4f1qC 3smiS 3goy 3se2 3smj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7l9y-3 6fym-4 2mv2-d 7lun-8 7lun-2 5v7w-1 3ebr-d 6fzm-2 5gpi-1 7lun-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

ヘテロ分子

89.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.649, 81.894, 83.187
Angle α, β, γ (deg.)	60.12, 78.32, 80.31
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1534 - 1720 / Label seq-ID: 7 - 193

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / B aggressive lymphoma protein 2 分子量: 22118.590 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAL2, KIAA1268, PARP14 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 pRARE / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-0RY / (2Z)-4-[(3-carbamoylphenyl)amino]-4-oxobut-2-enoic acid 分子量: 234.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀N₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris, 1.3mM A16, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→35 Å / Num. all: 67716 / Num. obs: 67716 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4926 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SMI

3smi

解像度: 1.9→34.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 7.192 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23939	3386	5 %	RANDOM
R_work	0.19666	-	-	-
obs	0.1988	64330	100 %	-
all	-	64330	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	-0.09 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.78 Å²	0.51 Å²
3-	-	-	-1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5986	0	76	245	6307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6249
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.933	8496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	3.003	10026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.009	5	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.521	24.132	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.838	15	948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.009	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.028	1.5	3711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.359	1.5	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.78	2	6010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.531	3	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.033	4.5	2484

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1049	medium positional	0.4	0.5
B	1049	medium positional	0.89	0.5
C	1049	medium positional	0.49	0.5
D	1049	medium positional	0.42	0.5
A	1367	loose positional	0.82	5
B	1367	loose positional	1.46	5
C	1367	loose positional	0.87	5
D	1367	loose positional	0.87	5
A	1049	medium thermal	1.01	2
B	1049	medium thermal	1.38	2
C	1049	medium thermal	1.11	2
D	1049	medium thermal	1.7	2
A	1367	loose thermal	1.04	10
B	1367	loose thermal	1.28	10
C	1367	loose thermal	1.08	10
D	1367	loose thermal	1.49	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	245	-
R_work	0.245	4668	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2699	-0.0195	0.2721	0.2963	-0.0656	0.9374	0.0095	0.0078	0.0288	-0.0017	-0.0244	0.0353	0.0753	0.0602	0.015	0.0634	0.0146	-0.0017	0.0188	0.0106	0.0243	1.021	0.328	0.459
2	0.197	-0.1012	0.0803	0.4324	0.4122	0.9413	0.0477	-0.0329	-0.0001	-0.0346	-0.0551	-0.0155	0.0137	-0.0913	0.0074	0.0384	0.0029	0	0.0436	-0.0003	0.0195	6.352	30.009	0.485
3	0.1365	-0.1151	-0.1519	0.5104	-0.0589	1.1032	0.0015	-0.0352	-0.0433	-0.0408	-0.0577	0.0465	-0.0786	0.0511	0.0563	0.0361	-0.0106	-0.0101	0.0505	0.0165	0.0173	0.974	29.761	-33.064
4	0.1836	0.1171	0.1612	0.2286	0.1578	0.9361	0.026	-0.0518	0.0307	-0.0021	-0.0352	-0.0177	0.058	-0.0184	0.0092	0.0096	-0.0151	0.0065	0.0899	-0.0057	0.0328	-3.041	-0.122	-33.605

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1534 - 1720
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1532 - 1720
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1534 - 1720
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1534 - 1720

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)