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- PDB-4wvz: Crystal structure of artificial crosslinked thiol dioxygenase G95... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvz
タイトルCrystal structure of artificial crosslinked thiol dioxygenase G95C variant from Pseudomonas aeruginosa
要素3-mercaptopropionate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / thiol dioxygenase / cysteine dioxygenase / 3-MPA dioxygenase / 3-mercaptopropionic acid / non-heme mono-iron / Cupin / beta barrel / crosslink
機能・相同性
機能・相同性情報


3-mercaptopropionate dioxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / ferrous iron binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich ...ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Thiol dioxygenase / 3-mercaptopropionate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Fellner, M. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Substrate and pH-Dependent Kinetic Profile of 3-Mercaptopropionate Dioxygenase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Fellner, M. / Aloi, S. / Tchesnokov, E.P. / Wilbanks, S.M. / Jameson, G.N.
履歴
登録2014年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22020年12月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.name / _citation.journal_id_CSD ..._audit_author.name / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-mercaptopropionate dioxygenase
B: 3-mercaptopropionate dioxygenase
C: 3-mercaptopropionate dioxygenase
D: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5188
ポリマ－95,2954
非ポリマー2234
水10,088560
1
A: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8802
ポリマ－23,8241
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8802
ポリマ－23,8241
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8802
ポリマ－23,8241
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3-mercaptopropionate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8802
ポリマ－23,8241
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.543, 66.543, 376.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
3-mercaptopropionate dioxygenase / Thiol dioxygenase


分子量: 23823.666 Da / 分子数: 4 / 変異: G95C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA2602 / プラスミド: pPR-IBA1/PA2602/P.aeruginosa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9I0N5, UniProt: A0A140UH61*PLUS, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 2.5microl Protein at 18 mg/ml (in 10mM phosphate pH 7.5) was mixed with 1microl of the mother liquor containing 140mM sodiumacetate, PEG 4000 8%, pH 5.3, the reservoir contained 500microl. ...詳細: 2.5microl Protein at 18 mg/ml (in 10mM phosphate pH 7.5) was mixed with 1microl of the mother liquor containing 140mM sodiumacetate, PEG 4000 8%, pH 5.3, the reservoir contained 500microl. Cryoprotected with 25% ethylenglycol before freezing.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→47.05 Å / Num. obs: 51753 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 28.1 / Num. measured all: 359980
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.09-2.153.70.2824.21422138500.9150.15796.9
9.11-47.056.20.01666486178110.00798.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.89 Å47.05 Å
Translation7.89 Å47.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.3.8データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TLF

4tlf


解像度: 2.09→39.914 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 2548 4.95 %
Rwork0.1753 88465 -
obs0.1775 51609 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.47 Å2 / Biso mean: 35.5237 Å2 / Biso min: 14.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→39.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6326 0 4 560 6890
Biso mean--52 41.94 -
残基数----794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0029035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039938
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8122462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.11380.33751450.25492482262784
2.1138-2.13860.28591370.24222719285687
2.1386-2.16470.26321370.23512620275788
2.1647-2.19210.27231650.232760292591
2.1921-2.2210.28831480.23722866301493
2.221-2.25140.39151450.3562582272788
2.2514-2.28360.41061540.27092831298592
2.2836-2.31760.29031900.21072886307698
2.3176-2.35380.25351580.188330563214100
2.3538-2.39240.26761410.195630333174100
2.3924-2.43370.26131570.192629923149100
2.4337-2.47790.28241540.201930993253100
2.4779-2.52560.24881650.198329793144100
2.5256-2.57710.24371510.182230403191100
2.5771-2.63320.21511480.18330493197100
2.6332-2.69440.22641570.188230493206100
2.6944-2.76180.28621410.175130593200100
2.7618-2.83640.28451490.175829763125100
2.8364-2.91980.24951320.180731273259100
2.9198-3.01410.27971540.189530173171100
3.0141-3.12170.23011340.181530323166100
3.1217-3.24670.23041440.173330613205100
3.2467-3.39440.20721830.171229983181100
3.3944-3.57320.16421530.163330163169100
3.5732-3.79690.19711830.16482976315999
3.7969-4.08980.18381380.141130973235100
4.0898-4.50090.1721730.137329973170100
4.5009-5.1510.15271670.131530213188100
5.151-6.48520.1891650.161730153180100
6.4852-39.92090.15961360.15993030316699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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