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万見
- PDB-7ndk: Crystal structure of ZC3H12C PIN catalytic mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ndk
タイトルCrystal structure of ZC3H12C PIN catalytic mutant
要素Probable ribonuclease ZC3H12C
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Endo-ribonuclease / Regnase
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rege-1, UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ZC3H12, C-terminal domain / UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ ZC3H12 C-terminal domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Rossmann fold - #11980 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...Rege-1, UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ZC3H12, C-terminal domain / UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ ZC3H12 C-terminal domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Rossmann fold - #11980 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ribonuclease ZC3H12C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Garg, A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: PIN and CCCH Zn-finger domains coordinate RNA targeting in ZC3H12 family endoribonucleases.
著者: Garg, A. / Roske, Y. / Yamada, S. / Uehata, T. / Takeuchi, O. / Heinemann, U.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ribonuclease ZC3H12C
B: Probable ribonuclease ZC3H12C
C: Probable ribonuclease ZC3H12C
D: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6546
ポリマ－76,6084
非ポリマー462
水1,69394
1
A: Probable ribonuclease ZC3H12C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1521
ポリマ－19,1521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1752
ポリマ－19,1521
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable ribonuclease ZC3H12C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1521
ポリマ－19,1521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Probable ribonuclease ZC3H12C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1752
ポリマ－19,1521
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.753, 61.475, 111.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable ribonuclease ZC3H12C / Zinc finger CCCH domain-containing protein 12C


分子量: 19151.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zc3h12c, Kiaa1726 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5DTV4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M KSCN, 20% PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.521
11-h,-k,l20.479
反射解像度: 2.34→38.75 Å / Num. obs: 21746 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.25 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.19
反射 シェル解像度: 2.34→2.39 Å / Num. unique obs: 1417 / CC1/2: 0.629

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NDI

7ndi


解像度: 2.34→38.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.299 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 1082 5 %RANDOM
Rwork0.2292 ---
obs0.2314 20656 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.13 Å2 / Biso mean: 61.591 Å2 / Biso min: 27.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-35.81 Å20 Å24.11 Å2
2--22.95 Å2-0 Å2
3----58.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→38.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5130 0 2 94 5226
Biso mean--41.29 54.07 -
残基数----623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195241
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9617057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938311550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1065612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34423.258267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76115964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1141552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021130
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.398 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 76 -
Rwork0.319 1470 -
obs--94.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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