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Yorodumi- PDB-2x7m: Crystal structure of Archaemetzincin (amzA) from Methanopyrus kan... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2x7m | ||||||
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Title | Crystal structure of Archaemetzincin (amzA) from Methanopyrus kandleri at 1.5 A resolution | ||||||
Components | ARCHAEMETZINCIN | ||||||
Keywords | HYDROLASE / METALLOPROTEASE / PROTEASE / METZINCIN / METAL-BINDING | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / metallopeptidase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | METHANOPYRUS KANDLERI (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Waltersperger, S.M. / Widmer, C. / Baumann, U. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2010 Title: Crystal Structure of Archaemetzincin Amza from Methanopyrus Kandleri at 1.5A Resolution. Authors: Waltersperger, S.M. / Widmer, C. / Baumann, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2x7m.cif.gz | 114.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2x7m.ent.gz | 96.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2x7m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22031.428 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) METHANOPYRUS KANDLERI (archaea) / Strain: AV19 / Plasmid: PET28A / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8TXW1, Hydrolases | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 39 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.6 / Details: PH 7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Nov 9, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 26660 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.57 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.54 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 1.5→40.03 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.94 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→40.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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