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Yorodumi- PDB-4wp3: Crystal Structure of Adenylyl cyclase from Mycobacterium avium Ma... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4wp3 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Adenylyl cyclase from Mycobacterium avium Ma1120 wild type | ||||||
Components | Ma1120 | ||||||
Keywords | LYASE / Adenylyl cyclase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcyclic nucleotide biosynthetic process / adenylate cyclase / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Mycobacterium avium (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Barathy, D.V. / Bharambe, N.G. / Suguna, K. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2015Title: Autoinhibitory mechanism and activity-related structural changes in a mycobacterial adenylyl cyclase Authors: Barathy, D.V. / Bharambe, N.G. / Syed, W. / Zaveri, A. / Visweswariah, S.S. / Cola sigmaf o, M. / Misquith, S. / Suguna, K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4wp3.cif.gz | 579.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4wp3.ent.gz | 488.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4wp3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4wp3_validation.pdf.gz | 470.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4wp3_full_validation.pdf.gz | 476.3 KB | Display | |
| Data in XML | 4wp3_validation.xml.gz | 41 KB | Display | |
| Data in CIF | 4wp3_validation.cif.gz | 58.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/4wp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/4wp3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4wp8C ![]() 4wp9C ![]() 4wpaC ![]() 1fx4S ![]() 3et6S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 23236.340 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 13-222 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium avium (bacteria) / Strain: TN 104 / Gene: cya1120 / Plasmid: pPROExHT / Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 7.5 / Details: 0.1M HEPES, 25% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.97625 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 25, 2010 |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.95→35.22 Å / Num. obs: 84325 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.2 % / Net I/σ(I): 0.075 |
| Reflection shell | Resolution: 1.95→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.3 |
-
Processing
| Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.9_1692) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1fx4, 3et6 Resolution: 1.95→35.21 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.21 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→35.21 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Mycobacterium avium (bacteria)
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