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- PDB-4wp9: Crystal structure of Adenylyl cyclase MA1120 from Mycobacterium A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wp9 | ||||||
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Title | Crystal structure of Adenylyl cyclase MA1120 from Mycobacterium Avium bound to 2'5'-DD-3'-ATP, Calcium and Magnesium ion | ||||||
![]() | Ma1120 | ||||||
![]() | LYASE / 2'5'-dd-3'-ATP / P-site inhibitor / Adenylyl Cyclase | ||||||
Function / homology | ![]() adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bharambe, N.G. / Barathy, D.V. / Suguna, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Autoinhibitory mechanism and activity-related structural changes in a mycobacterial adenylyl cyclase Authors: Barathy, D.V. / Bharambe, N.G. / Syed, W. / Zaveri, A. / Visweswariah, S.S. / Cola sigmaf o, M. / Misquith, S. / Suguna, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 164.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 963.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4wp3C ![]() 4wp8SC ![]() 4wpaC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19587.342 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 53-222 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 9.1 Details: 0.2M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.38→28.05 Å / Num. obs: 61217 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 7 |
Reflection shell | Resolution: 1.38→1.46 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.2 |
-
Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.9_1692) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4WP8 Resolution: 1.382→26.949 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.382→26.949 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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