[日本語] English
万見
- PDB-6u82: Crystal Structure of the Double Homeodomain of DUX4 in Complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u82
タイトルCrystal Structure of the Double Homeodomain of DUX4 in Complex with a DNA aptamer containing bulge and loop
要素
  • DNA (38-MER)
  • Double homeobox protein 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DUX tandem homeodomains / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation ...negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix motif / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Double homeobox protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2020
タイトル: DNA aptamers against the DUX4 protein reveal novel therapeutic implications for FSHD.
著者: Klingler, C. / Ashley, J. / Shi, K. / Stiefvater, A. / Kyba, M. / Sinnreich, M. / Aihara, H. / Kinter, J.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Double homeobox protein 4
B: DNA (38-MER)
D: Double homeobox protein 4
E: DNA (38-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9654
ポリマ－54,9654
非ポリマー00
水00
1
A: Double homeobox protein 4
B: DNA (38-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4832
ポリマ－27,4832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
2
D: Double homeobox protein 4
E: DNA (38-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4832
ポリマ－27,4832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.320, 75.670, 82.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-IDBeg label alt-ID
111ARGARGPROPRO(chain 'A' and (resid 20 through 21 or (resid 22...AA20 - 444 - 28
121ALAALAPROPRO(chain 'A' and (resid 20 through 21 or (resid 22...AA47 - 15031 - 134
231ARGARGPROPRO(chain 'D' and (resid 20 through 42 or (resid 43...DC20 - 444 - 28
241ALAALAPROPRO(chain 'D' and (resid 20 through 42 or (resid 43...DC47 - 15031 - 134
152DGDGDGDG(chain 'B' and (resid 1 through 18 or (resid 19...BB1 - 171 - 17
162DGDGDGDG(chain 'B' and (resid 1 through 18 or (resid 19...BB21 - 2921 - 29
172DCDCDCDC(chain 'B' and (resid 1 through 18 or (resid 19...BB32 - 3832 - 38B
282DGDGDGDG(chain 'E' and (resid 1 through 18 or (resid 19...ED1 - 171 - 17
292DGDGDGDG(chain 'E' and (resid 1 through 18 or (resid 19...ED21 - 2921 - 29
2102DCDCDCDC(chain 'E' and (resid 1 through 18 or (resid 19...ED32 - 3832 - 38

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Double homeobox protein 4 / Double homeobox protein 10


分子量: 15844.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUX4, DUX10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBX2
#2: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 11638.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Magnesium acetate, PEG8000, Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→60.87 Å / Num. obs: 10373 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 87.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1874 / CC1/2: 0.69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6e8c

6e8c


解像度: 3.21→60.87 Å / SU ML: 0.3478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 33.6752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 370 4.94 %
Rwork0.2516 7122 -
obs0.2531 7492 71.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 107.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→60.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 1528 0 0 3743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47825692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0295597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.78391584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.21-3.31.035210.653843X-RAY DIFFRACTION5.08
3.3-3.410.533980.4011118X-RAY DIFFRACTION15.09
3.41-3.530.3741120.3172247X-RAY DIFFRACTION29.74
3.53-3.670.4458240.3417406X-RAY DIFFRACTION50.47
3.67-3.840.3175320.349631X-RAY DIFFRACTION75.26
3.84-4.040.3217340.3366774X-RAY DIFFRACTION92.66
4.04-4.290.381260.2831834X-RAY DIFFRACTION98.17
4.29-4.620.3208400.279791X-RAY DIFFRACTION95.63
4.62-5.090.3501370.2562850X-RAY DIFFRACTION99.11
5.09-5.820.2554540.2474800X-RAY DIFFRACTION97.6
5.83-7.330.3265490.2438804X-RAY DIFFRACTION97.93
7.34-60.870.1774530.1559824X-RAY DIFFRACTION95.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8369377191152.10380317810.1905689334556.56011485712.741886656964.02068476604-0.1235939387270.379402857238-0.2057341693620.3224835032340.436834355043-0.6909760136230.5059799073860.418758873077-0.4426159864290.797092514192-0.6251860714-0.0895355431561.66279339729-0.0364992277770.48490881160724.8921750351-25.7433672259.0080276629
21.79407582675-0.4651113869011.658905197210.4672553248570.3655744245773.36705930943-0.6923478678520.5080162940150.524643472964-0.552744776408-0.04682485061410.409407456797-0.752898324320.02945728753770.7507365542420.897745343012-0.615284348888-0.2122928432850.842102283945-0.4291587540150.69700787941616.4259252576-11.056978434253.5111351236
31.539534966120.7639702926980.6230270932071.437372775690.9577938972270.6494201962020.1230916898480.0300519437238-0.148947799726-0.1204115587230.00163965979218-0.0474732500350.0797327772791-0.049775693225-0.07854522360790.693938358377-0.213053211587-0.3713252329770.715176966323-0.2194051309080.34832690206312.5069615571-16.746250430943.1635287573
42.38319587335-0.04592109422611.297526895920.0742622506765-0.01099731066910.999755860035-0.158275024706-0.04833404154690.4781487592420.0771023318904-0.0527285541577-0.550534090347-0.1740159203580.1119249825980.2187886988440.345925700423-0.704967872838-0.06653930802490.525862375777-0.235648724250.48705639736524.885581646-14.859698983246.2443064817
51.057624403330.8190721884570.1666745614121.082996156160.2314305051260.2555828640480.00864121724305-0.02479584253570.03408876885170.0885226927145-0.14820876496-0.03350932199520.0613064513653-0.0192912931608-0.2244758150170.191435300497-1.264236721580.009456043223720.807153362345-0.5681528311840.43944016154411.4398344552-22.558416710151.80037073
68.278998778780.79819680363-3.734421778780.49320581312-0.5878232864521.805878446310.2786515495461.09216519866-0.22628196223-0.140676185803-0.5749070377920.343087229171-0.648143846525-0.818540962160.1323194036660.954588221176-0.4822408332850.3360744726431.20412869908-0.4176853295750.5479909187135.12360889882-17.716430720143.0603559576
71.563483110611.22320889803-0.3073666664181.925681874680.3623693282213.71402072385-0.9718281787460.615828701153-0.652635569984-0.684099509735-0.3031756738-0.5675615431811.737077327660.6722619379251.17158383761.06804968318-0.2917558121330.3249501347641.060980437020.3899418849070.6819883481627.3426303489-28.515688616133.8232019901
82.16954349541.61804769497-2.697805750552.42578747871-3.967209977867.48000102526-0.610634835888-0.503614297589-0.25286309196-1.07464741358-0.191672235936-1.189299151451.645358374931.972098784470.7912650881431.41395269436-0.05169519582020.8031170130081.674192128110.2489126664471.6162006002532.4550607065-39.285413940344.4166532251
92.447338306770.5635468386-0.8289804901562.2225040553-1.255634464842.30082237886-0.0989704485375-0.0210269255951-0.2962273949820.008501742154710.09006331238440.2093811660620.292104746791-0.262132106655-0.08983300229340.82888287855-0.4287775752480.5449298833081.007732272820.3204871753720.86492859969523.1621592077-37.902236154242.0580840432
102.249403848041.64464932132-1.389540125454.339986354081.898032364773.991926693171.34794673586-1.87073850369-0.4619854252213.30601489592-1.472929514570.6128893879251.72273641705-1.18262853250.1950015925931.67095392429-0.9304917022720.02450295520241.35483367419-0.266303429530.78766380976515.4410388949-26.750655682561.9361271157
110.2110155291040.1704907997970.1032464149180.285633399414-0.2934297494330.969686844689-0.07537663121310.238354852306-0.205820660166-0.08079247778910.0842232536879-0.02830107447790.0790369463045-0.0319256033147-0.01997990960391.35204352911-0.8788695872590.444302458591.29991778281-0.5178344188870.98309282013514.6563566569-33.4375226138.7191241464
121.092758147440.5113293268880.2843427897521.156421803481.103681084091.15295181634-0.2902384786250.951495456537-0.475283423097-0.5725749005690.214842459163-0.3839761211190.2432533054840.1631147635670.1493002170970.932301218881-1.097691325110.3812244110991.07495611117-0.6741141404680.51269780226415.5687371074-33.2664801531.8026782736
133.62242383114-0.1383858640071.523849181956.455928949391.224791673142.57293928456-0.253393752394-0.5839430955971.290844100310.32249067922-0.138186632151-0.467243338779-0.0442059203167-0.09090650747690.02586379249220.854508288988-0.928051963671-0.1636460937650.95064070102-0.1981690096130.45807237818112.3558767974-33.76253021760.2876983757
143.84691473807-4.16811982015-2.293314460178.55989114294-0.4901980255683.548132442240.4486691786140.135729617872-0.008044845693590.699949083231-0.1783300994291.19046818535-0.252098377146-0.4747898977870.01209511176920.690340776814-0.4163195782870.2542832449040.59440494154-0.1155155131350.43787523378823.8632921371-25.0415906269-24.2933575474
150.677311761290.548795551128-0.7427471979250.584903613704-0.7120522520540.9129234049560.0111355640715-0.0383433669738-0.002153064993870.0803497301718-0.00115805004802-0.0164803152430.0211315528330.04854296306770.0134509428280.605153283928-0.7359524768530.2152507599330.561997248057-0.1638939476370.1305259466933.5445227271-39.5324662268-14.9174338458
160.1502941768710.154600142194-0.276774556480.367705677517-0.3548004117830.6038603985350.0563756627743-0.1092349454070.03826915212910.103689613718-0.08750021961450.0244302076211-0.1271969840140.161768148629-0.1605235824570.70336424191-0.751909117340.116322708220.766507412185-0.3199471274270.23702960654635.311914037-29.8196971035-10.4760702683
172.284994413461.475159039040.5800204098331.456508363170.4595436893070.73616210690.03411017309560.0206441641248-0.298969388591-0.02236962209380.0641351487301-0.04928806327330.382674561799-0.3106893177260.1922451324590.588377841033-1.587466055510.01205117110580.74292778277-0.4644790438890.34778225195422.5050013258-41.4806884305-16.3228370755
184.747852270011.056890923890.5295785153517.33531470381.042187891173.219941433350.266751486105-0.1589425090440.2979585475150.4490480201240.01224023468650.1902990229420.638845018637-0.131187038683-0.117609626991.18609809641-0.8230449491870.3423226959091.4005199555-0.4207022379920.68366726169325.6413936573-32.9828377703-1.14707562022
193.095865928184.12301090353-0.2146315675995.715024061690.5331680731513.11385825979-0.2384898311380.2399744693990.7833279943540.260734877290.1596900720221.18518200187-0.3066413402430.04249970065970.08185020646971.57111769884-0.6590791949220.1527358215971.36375796026-0.5355248394441.9499024755712.8198490649-9.9092374804-6.72929342493
201.558826009842.181974480930.1940817484953.211369329190.2084093764860.0467048336695-0.29082628303-0.05682107460830.770450612375-0.3253028658690.09859600788160.162550257257-0.3356479630430.8468657526350.3090002849091.564629692-0.9407542758650.6424268648241.98464149616-0.07374225324562.038033393618.9484149082-13.6143127916-13.8040113624
212.464375620551.70526424937-0.4472447840733.87063467203-0.7404604610061.20112903618-0.02605256058860.0822895619480.388926174866-0.1427377696430.2234614613120.4517431358860.0328765260338-0.133726268945-0.06706046292841.0490585341-0.872455105870.5148573208510.896977543311-0.4637052294370.98430933456413.6437496355-20.9533955702-8.23874669333
221.774449143521.68546051652-0.8180350868961.69567671129-0.5920596214390.7121164891450.616309494358-0.0895684888233-0.718636667373-0.310970840492-0.3393533606640.6781061359360.0474051631162-0.217068795960.08241539935360.73908562026-0.502966138698-0.2054507917690.761125017815-0.3403850566390.56434049894721.4696697245-33.9268138302-26.805769036
230.00192143734267-0.005103246465650.009011141872760.0672595343158-0.1716664211350.4218781740510.335106631569-0.5413142667750.4182804943070.252402477602-0.0995022539839-0.0179390463667-0.03546342553060.001866330878270.297447715321.37372614087-1.159141015470.4944590417041.84461870442-0.6164401409571.0426983337814.0831349371-30.4310652358-3.99392363731
244.73066672583.48443562892-2.241164413612.56564544321-1.609956816413.30910839925-0.0638075397111-0.5834343625180.2261617464730.677273519684-0.8482061270381.253422034080.389677435988-2.236472346850.9823917012162.02894446056-0.5985719602090.192021245212.23882888283-1.040300583721.3785594490213.3876058538-25.27641339716.7315617837
250.172036942338-0.608568948991-0.3649056499432.711787346040.8873436871111.057318582710.162811985973-0.116559626690.1103808196850.61494655203-0.3094467048270.675838881104-0.107279524839-0.1227102533140.2915347906332.00034030079-1.232106539270.8246720653011.84633535895-0.7504298062031.3408616656813.5159843918-24.62289240193.08724330979
262.35696382413.291516119612.205775773224.730605112562.924317997612.2689963207-0.20279378152-0.05042098733690.567075883476-0.227777125064-0.08120913526410.636264241224-0.2969850997570.04287923143260.5442087847550.82690018164-0.99292565904-0.02735943331840.951768701962-0.4892831475240.52753846162415.3901095646-37.5768346147-10.5896267235
278.180963708920.677711337324-0.8410812613032.57777048353-3.184260813033.93395563797-0.2896996741540.8675983673210.10883078743-1.01470942650.420248967339-0.7970851626640.300521658771-0.2051479186780.04003376098571.02297333494-0.7701270019960.1467291150661.086510360220.08628751656310.78183449284713.434603396-33.5226561206-25.371931742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 45 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 59 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 60 through 80 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 81 through 95 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 96 through 102 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 103 through 134 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 135 through 150 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 5 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 6 through 15 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 16 through 30 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 31 through 38 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 17 through 27 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 28 through 45 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 46 through 59 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 60 through 85 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 86 through 102 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 103 through 115 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 116 through 134 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 135 through 150 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 5 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 6 through 15 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 16 through 20 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 21 through 25 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 26 through 30 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 31 through 38 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る