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- PDB-5bu6: Structure of BpsB deaceylase domain from Bordetella bronchiseptica -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bu6 | ||||||
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Title | Structure of BpsB deaceylase domain from Bordetella bronchiseptica | ||||||
![]() | BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / deacetylase / family 4 carbohydrate esterase | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase/deacetylase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / NICKEL (II) ION / THIOCYANATE ION / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Little, D.J. / Bamford, N.C. / Howell, P.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The Protein BpsB Is a Poly-beta-1,6-N-acetyl-d-glucosamine Deacetylase Required for Biofilm Formation in Bordetella bronchiseptica. Authors: Little, D.J. / Milek, S. / Bamford, N.C. / Ganguly, T. / DiFrancesco, B.R. / Nitz, M. / Deora, R. / Howell, P.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 227.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 181.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4f9dS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30928.957 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 35-307 / Mutation: C48S, K128A, K129A, D235H, E239H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: RB50 / Gene: hmsF, BN113_1689, BB1768 / Plasmid: pET28A / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-SCN / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % / Description: Small thin needles |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 30% PEG 2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jan 16, 2014 Details: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 39033 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 33 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.02 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4F9D Resolution: 1.951→45.6 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.951→45.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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