[日本語] English
万見
- PDB-4h16: Crystal Structure of a short chain alcohol dehydrogenase-related ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h16
タイトルCrystal Structure of a short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase (target ID NYSGRC-011812) from Sinorhizobium meliloti 1021 in space group P6422
要素Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


monocarboxylic acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / lipid metabolic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ghosh, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase (target ID NYSGRC-011812) from Sinorhizobium meliloti 1021 in space group P6422
著者: Ghosh, A. / Bhoshle, R. / Toro, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1827
ポリマ－27,4871
非ポリマー6956
水4,234235
1
A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,72728
ポリマ－109,9464
非ポリマー2,78124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area20360 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area35240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.2, 129.2, 103.5
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-631-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x,-y-1,z; x,x-y-1,-z-1/3 and -x,-x+y,-z-1/3

-
要素

#1: タンパク質 Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase


分子量: 27486.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: RA0888, SMa1629 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pRIL
参照: UniProt: Q92YJ2, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, and 30% (v/v) PPG P400, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 65029 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.414 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.034.50.88432591.4071100
2.03-2.074.50.74432911.3931100
2.07-2.114.60.61732391.5031100
2.11-2.154.60.57332651.461100
2.15-2.24.60.4732521.491100
2.2-2.254.60.37432461.5721100
2.25-2.314.70.34632891.5691100
2.31-2.374.70.332331.6031100
2.37-2.444.70.27332981.6441100
2.44-2.524.70.22132541.6231100
2.52-2.614.70.20432501.5351100
2.61-2.714.70.16932871.4881100
2.71-2.844.70.1532411.4841100
2.84-2.994.70.12932611.421100
2.99-3.174.70.1132641.309199.9
3.17-3.424.70.132671.294199.8
3.42-3.764.70.08732341.179199
3.76-4.314.60.07432201.028198.4
4.31-5.434.50.0631871.096197.4
5.43-504.70.03831921.139197.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Code:

解像度: 2→37.294 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1781 3266 5.03 %RANDOM
Rwork0.1629 ---
obs0.1636 64983 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.62 Å2 / Biso mean: 30.2639 Å2 / Biso min: 7.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 42 235 2163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0782706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.923764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0005-2.03030.32881370.280926822819100
2.0303-2.0620.29811450.259526942839100
2.062-2.09580.26411350.224927102845100
2.0958-2.1320.23471360.214726622798100
2.132-2.17070.21031500.209427092859100
2.1707-2.21250.18261400.196826922832100
2.2125-2.25760.24131490.227072856100
2.2576-2.30670.2021450.183227152860100
2.3067-2.36040.22621490.167326572806100
2.3604-2.41940.21241210.168927152836100
2.4194-2.48480.17031460.164227012847100
2.4848-2.55790.21370.1626702807100
2.5579-2.64040.23681420.155827122854100
2.6404-2.73480.16191310.145426962827100
2.7348-2.84420.17911650.148226792844100
2.8442-2.97360.1851380.147526932831100
2.9736-3.13030.15571510.150927092860100
3.1303-3.32630.17811420.143626662808100
3.3263-3.5830.13871480.14122680282899
3.583-3.94320.12521630.12432662282599
3.9432-4.51290.1621380.13282612275097
4.5129-5.68260.16371360.15542653278998
5.6826-37.30070.19731220.21152641276397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.12610.478-0.09321.031-0.38621.19020.0037-0.81140.18960.3295-0.1517-0.0608-0.12170.10250.09650.0939-0.0242-0.04910.5089-0.04640.145650.3343-45.25398.2559
21.3172-0.0440.09111.329-0.00471.2102-0.0541-0.3238-0.01120.0129-0.0444-0.1074-0.12990.27290.09490.06220.0154-0.0160.17480.01010.140747.0381-46.9968-9.6889
32.7346-0.06740.05530.63410.05873.3904-0.0372-0.60780.8028-0.0013-0.1708-0.0765-1.12970.0111-0.03450.06940.0634-0.05940.1999-0.15290.33531.9001-42.0778-2.7225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 82 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 172 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 259 )A0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る