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万見
- PDB-7n8x: Partial C. difficile TcdB and CSPG4 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n8x
タイトルPartial C. difficile TcdB and CSPG4 fragment
要素
  • Chondroitin sulfate proteoglycan 4
  • Toxin B
キーワードTOXIN/Developmental Protein / TOXIN / TOXIN-Developmental Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CS-GAG biosynthesis / Defective CHST3 causes SEDCJD / Defective CHST14 causes EDS, musculocontractural type / Defective CHSY1 causes TPBS / DS-GAG biosynthesis / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / CS/DS degradation / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / substrate-dependent cell migration ...CS-GAG biosynthesis / Defective CHST3 causes SEDCJD / Defective CHST14 causes EDS, musculocontractural type / Defective CHSY1 causes TPBS / DS-GAG biosynthesis / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / CS/DS degradation / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / substrate-dependent cell migration / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / glial cell migration / tissue remodeling / ruffle assembly / glucosyltransferase activity / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / host cell cytosol / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / lamellipodium membrane / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / ruffle / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / host cell endosome membrane / Golgi lumen / toxin activity / : / angiogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / host cell plasma membrane / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CSPG repeat / : / Cadherin-like / CSPG repeat profile. / MARTX cysteine protease (CPD) domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain ...CSPG repeat / : / Cadherin-like / CSPG repeat profile. / MARTX cysteine protease (CPD) domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Laminin G domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Laminin G domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin B / Chondroitin sulfate proteoglycan 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jiang, M. / Zhang, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Welch Foundation 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Receptor Recognition of Clostridium difficile Toxin B and its Dissociation upon Acidification
著者: Jiang, M. / Zhang, J.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_entity_assembly_molwt / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_molwt.id
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24248
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Chondroitin sulfate proteoglycan 4
A: Toxin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,0452
ポリマ－185,0452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Chondroitin sulfate proteoglycan 4 / Chondroitin sulfate proteoglycan NG2 / Melanoma chondroitin sulfate proteoglycan / Melanoma- ...Chondroitin sulfate proteoglycan NG2 / Melanoma chondroitin sulfate proteoglycan / Melanoma-associated chondroitin sulfate proteoglycan


分子量: 15565.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSPG4, MCSP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6UVK1
#2: タンパク質 Toxin B


分子量: 169479.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdB, toxB
発現宿主: Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
参照: UniProt: P18177, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1The complex of TcdB and CSPG4 fragmentCOMPLEXall0RECOMBINANT
2Ternary structure of C-terminus of CSPG4 domain 1ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#11RECOMBINANT
3Ternary structure of Clostridium difficile TcdBORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.25 MDaYES
22
33
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Clostridioides difficile (バクテリア)1496
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Clostridioides difficile (バクテリア)1496
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)1348623
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)1348623
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 470301 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036741
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.699138
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.191894
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491031
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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