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- EMDB-24248: Partial C. difficile TcdB and CSPG4 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24248
タイトルPartial C. difficile TcdB and CSPG4 fragment
マップデータPartial C. difficile TcdB with CSPG4 (410-560)
試料
  • 複合体: The complex of TcdB and CSPG4 fragment
    • 細胞器官・細胞要素: Ternary structure of C-terminus of CSPG4 domain 1
      • タンパク質・ペプチド: Chondroitin sulfate proteoglycan 4
    • 細胞器官・細胞要素: Ternary structure of Clostridium difficile TcdB
      • タンパク質・ペプチド: Toxin B
キーワードTOXIN / TOXIN-Developmental Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CS-GAG biosynthesis / Defective CHST3 causes SEDCJD / Defective CHST14 causes EDS, musculocontractural type / Defective CHSY1 causes TPBS / DS-GAG biosynthesis / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / CS/DS degradation / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / substrate-dependent cell migration ...CS-GAG biosynthesis / Defective CHST3 causes SEDCJD / Defective CHST14 causes EDS, musculocontractural type / Defective CHSY1 causes TPBS / DS-GAG biosynthesis / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / CS/DS degradation / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / substrate-dependent cell migration / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / glial cell migration / tissue remodeling / ruffle assembly / glucosyltransferase activity / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / host cell cytosol / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / lamellipodium membrane / coreceptor activity / ruffle / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / host cell endosome membrane / Golgi lumen / toxin activity / : / angiogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / host cell plasma membrane / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CSPG repeat / : / Cadherin-like / CSPG repeat profile. / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Laminin G domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family ...CSPG repeat / : / Cadherin-like / CSPG repeat profile. / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Laminin G domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Laminin G domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin B / Chondroitin sulfate proteoglycan 4
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jiang M / Zhang J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch Foundation 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Receptor Recognition of Clostridium difficile Toxin B and its Dissociation upon Acidification
著者: Jiang M / Zhang J
履歴
登録2021年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n8x
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Partial C. difficile TcdB with CSPG4 (410-560)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 180 pix.
= 203.4 Å		1.13 Å/pix.
x 180 pix.
= 203.4 Å		1.13 Å/pix.
x 180 pix.
= 203.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-14.996973000000001 - 37.40654
平均 (標準偏差)0.02329624 (±0.77337414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 203.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z203.400203.400203.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-14.99737.4070.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The complex of TcdB and CSPG4 fragment

全体名称: The complex of TcdB and CSPG4 fragment
要素
  • 複合体: The complex of TcdB and CSPG4 fragment
    • 細胞器官・細胞要素: Ternary structure of C-terminus of CSPG4 domain 1
      • タンパク質・ペプチド: Chondroitin sulfate proteoglycan 4
    • 細胞器官・細胞要素: Ternary structure of Clostridium difficile TcdB
      • タンパク質・ペプチド: Toxin B

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超分子 #1: The complex of TcdB and CSPG4 fragment

超分子名称: The complex of TcdB and CSPG4 fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 250 KDa

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超分子 #2: Ternary structure of C-terminus of CSPG4 domain 1

超分子名称: Ternary structure of C-terminus of CSPG4 domain 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Ternary structure of Clostridium difficile TcdB

超分子名称: Ternary structure of Clostridium difficile TcdB / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)

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分子 #1: Chondroitin sulfate proteoglycan 4

分子名称: Chondroitin sulfate proteoglycan 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.565927 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LPEPCVPEPG LPPVFANFTQ LLTISPLVVA EGGTAWLEWR HVQPTLDLME AELRKSQVLF SVTRGARHGE LELDIPGAQA RKMFTLLDV VNRKARFIHD GSEDTSDQLV LEVSVTARVP MPSCLRRGQT YLLPIQVNPV N

UniProtKB: Chondroitin sulfate proteoglycan 4

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分子 #2: Toxin B

分子名称: Toxin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 169.479141 KDa
組換発現生物種: Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
配列文字列: KIAFNSKGII NQGLISVKDS YCSNLIVKQI ENRYKILNNS LNPAISEDND FNTTTNTFID SIMAEANADN GRFMMELGKY LRVGFFPDV KTTINLSGPE AYAAAYQDLL MFKEGSMNIH LIEADLRNFE ISKTNISQST EQEMASLWSF DDARAKAQFE E YKRNYFEG ...文字列:
KIAFNSKGII NQGLISVKDS YCSNLIVKQI ENRYKILNNS LNPAISEDND FNTTTNTFID SIMAEANADN GRFMMELGKY LRVGFFPDV KTTINLSGPE AYAAAYQDLL MFKEGSMNIH LIEADLRNFE ISKTNISQST EQEMASLWSF DDARAKAQFE E YKRNYFEG SLGEDDNLDF SQNIVVDKEY LLEKISSLAR SSERGYIHYI VQLQGDKISY EAACNLFAKT PYDSVLFQKN IE DSEIAYY YNPGDGEIQE IDKYKIPSII SDRPKIKLTF IGHGKDEFNT DIFAGFDVDS LSTEIEAAID LAKEDISPKS IEI NLLGCN MFSYSINVEE TYPGKLLLKV KDKISELMPS ISQDSIIVSA NQYEVRINSE GRRELLDHSG EWINKEESII KDIS SKEYI SFNPKENKIT VKSKNLPELS TLLQEIRNNS NSSDIELEEK VMLTECEINV ISNIDTQIVE ERIEEAKNLT SDSIN YIKD EFKLIESISD ALCDLKQQNE LEDSHFISFE DISETDEGFS IRFINKETGE SIFVETEKTI FSEYANHITE EISKIK GTI FDTVNGKLVK KVNLDTTHEV NTLNAAFFIQ SLIEYNSSKE SLSNLSVAMK VQVYAQLFST GLNTITDAAK VVELVST AL DETIDLLPTL SEGLPIIATI IDGVSLGAAI KELSETSDPL LRQEIEAKIG IMAVNLTTAT TAIITSSLGI ASGFSILL V PLAGISAGIP SLVNNELVLR DKATKVVDYF KHVSLVETEG VFTLLDDKIM MPQDDLVISE IDFNNNSIVL GKCEIWRME GGSGHTVTDD IDHFFSAPSI TYREPHLSIY DVLEVQKEEL DLSKDLMVLP NAPNRVFAWE TGWTPGLRSL ENDGTKLLDR IRDNYEGEF YWRYFAFIAD ALITTLKPRY EDTNIRINLD SNTRSFIVPI ITTEYIREKL SYSFYGSGGT YALSLSQYNM G INIELSES DVWIIDVDNV VRDVTIESDK IKKGDLIEGI LSTLSIEENK IILNSHEINF SGEVNGSNGF VSLTFSILEG IN AIIEVDL LSKSYKLLIS GELKILMLNS NHIQQKIDYI GFNSELQKNI PYSFVDSEGK ENGFINGSTK EGLFVSELPD VVL ISKVYM DDSKPSFGYY SNNLKDVKVI TKDNVNILTG YYLKDDIKIS LSLTLQDEKT IKLNSVHLDE SGVAEILKFM NRKG NTNTS DSLMSFLESM NIKSIFVNFL QSNIKFILDA NFIISGTTSI GQFEFICDEN DNIQPYFIKF NTLETNYTLY VGNRQ NMIV EPNYDLDDSG DISSTVINFS QKYLYGIDSC VNKVVISPNI YTDEINITPV YETNNTYPEV IVLDANYINE KINVNI NDL SIRYVWSNDG NDFILMSTSE ENKVSQVKIR FVNVFKDKTL ANKLSFNFSD KQDVPVSEII LSFTPSYYED GLIGYDL GL VSLYNEKFYI NNFGMMVSGL IYINDSLYYF KPPVNNLITG FVTVGDDKYY FNPINGGAAS I

UniProtKB: Toxin B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: model prediction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 470301
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7n8x:
Partial C. difficile TcdB and CSPG4 fragment

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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