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万見
- PDB-6lxh: Staphylococcus aureus surface protein-sdrc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxh
タイトルStaphylococcus aureus surface protein-sdrc
要素Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
キーワードSURFACTANT PROTEIN / CWA protein / self-association / biofilm accumulation / sdrc
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 ...SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine-aspartate repeat-containing protein C / Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Pi, Y. / Ji, Q.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis ofStaphylococcus aureusSurface Protein SdrC.
著者: Pi, Y. / Chen, W. / Ji, Q.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
B: Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
C: Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0373
ポリマ－108,0373
非ポリマー00
水15,547863
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area41170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.753, 120.333, 130.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein / cell-wall anchored protein


分子量: 36012.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sdrC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UWJ6, UniProt: Q2G0L5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 30% Jeffamine ED-2001, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→88.42 Å / Num. obs: 59835 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.956 / Net I/σ(I): 88.42
反射 シェル解像度: 2.07→2.123 Å / Num. unique obs: 4110 / CC1/2: 0.956

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→88.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.407 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 3021 5 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.1729 56852 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.67 Å2 / Biso mean: 30.314 Å2 / Biso min: 7.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å2-0 Å20 Å2
2--0.78 Å2-0 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→88.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7354 0 0 863 8217
Biso mean---35 -
残基数----920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.027494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.92610168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.004315625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.135913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51826.114386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.266151271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.031515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021782
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.123 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 220 -
Rwork0.196 4110 -
obs--99.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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