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- PDB-7n9s: TcdB and frizzled-2 CRD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n9s
タイトルTcdB and frizzled-2 CRD complex
要素
  • Frizzled-2
  • Toxin B
キーワードSIGNALING PROTEIN/Hydrolase / TOXIN / SIGNALING PROTEIN-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


muscular septum morphogenesis / cochlea morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / hard palate development / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / inner ear receptor cell development / Wnt-protein binding / glucosyltransferase activity ...muscular septum morphogenesis / cochlea morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / hard palate development / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / inner ear receptor cell development / Wnt-protein binding / glucosyltransferase activity / endothelial cell differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / outflow tract morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / TCF dependent signaling in response to WNT / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / Wnt signaling pathway / sensory perception of smell / cell-cell signaling / toxin activity / Ca2+ pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / focal adhesion / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled 2, cysteine-rich domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region ...Frizzled 2, cysteine-rich domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin B / Frizzled-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Jiang, M. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch Foundation 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Receptor Recognition of Clostridium difficile Toxin B and its Dissociation upon Acidification
著者: Jiang, M. / Zhang, J.
履歴
登録2021年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_molwt / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_molwt.id
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24261
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Frizzled-2
A: Toxin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,6422
ポリマ－283,6422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-2 / Fz-2 / hFz2 / FzE2


分子量: 13834.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14332
#2: タンパク質 Toxin B


分子量: 269807.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdB, toxB
発現宿主: Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
参照: UniProt: P18177, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1TcdB and frizzled-2 CRD complex at pH7.5COMPLEXall0RECOMBINANT
2Ternary structure of state 4 Clostridium difficile TcdBORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#21RECOMBINANT
3frizzled-2 CRDORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.25 MDaYES
23
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Clostridioides difficile (バクテリア)1496
43Clostridioides difficile (バクテリア)1496
53Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)1348623
43Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)1348623
53Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81240 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01220385
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69227600
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7192678
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0653048
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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