PDB-6h2j: Crystal structure of the HsdR subunit of the EcoR124I restriction...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h2j

タイトル

Crystal structure of the HsdR subunit of the EcoR124I restriction enzyme with the C-terminal domain

要素

Type I restriction enzyme R Protein

キーワード

HYDROLASE / EcoR124 / HsdR / C-terminal domain / restriction-modification enzyme / endonuclease / Escherichia coli

機能・相同性

機能・相同性情報

type I site-specific deoxyribonuclease / type I site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Grinkevich, P. / Mesters, J.R. / Ettrich, R.H.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of a novel domain of the motor subunit of the Type I restriction enzyme EcoR124 involved in complex assembly and DNA binding.
著者: Grinkevich, P. / Sinha, D. / Iermak, I. / Guzanova, A. / Weiserova, M. / Ludwig, J. / Mesters, J.R. / Ettrich, R.H.

履歴

登録	2018年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h2j.cif.gz	769.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h2j.ent.gz	631.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j3nSC 2w00S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w00-1 4beb-2 4beb-1 4bec-2 4beb-3 2w00-2 4bec-1 4beb-4 4be7-1 4be7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type I restriction enzyme R Protein

B: Type I restriction enzyme R Protein

ヘテロ分子

243 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type I restriction enzyme R Protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
122 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type I restriction enzyme R Protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
122 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.910, 129.922, 161.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Type I restriction enzyme R Protein 分子量: 120982.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hsdR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q304R3, UniProt: P10486*PLUS, type I site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 UL OF PROTEIN IN 20 MM PHOSPHATE PH 7.5, 100 MM KCL, 5 MM ATP WAS MIXED WITH 2 UL OF RESERVOIR, CONTAINING 0.2 M LI2SO4, 8 % PEG 20K, 8 % PEG 550 MME, 1.5 MM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 80316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2w00, 5j3n

2w00

5j3n

解像度: 2.6→19.968 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	977	1.22 %
R_work	0.2027	-	-
obs	0.2035	80202	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14917	0	64	383	15364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	15263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	20599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.413	9216
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.7368	0.3491	123	0.2586	11173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7368-2.9077	0.2874	144	0.2395	11192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9077-3.1315	0.2934	123	0.231	11248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1315-3.4451	0.2872	133	0.2139	11294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4451-3.9403	0.2596	153	0.1897	11281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9403-4.9519	0.2351	135	0.1716	11373	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9519-19.9686	0.242	166	0.1987	11664	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5252	0.7055	0.358	0.9231	-0.1926	0.9216	-0.0268	-0.1153	0.2846	0.0779	-0.0047	0.0227	-0.0177	-0.0353	0.0011	0.3053	0.0059	0.0128	0.2832	-0.0186	0.3377	33.775	45.8246	30.086
2	1.1776	-0.1654	0.0661	3.2331	1.0432	2.2384	-0.0372	0.3031	-0.2066	-0.4236	0.0475	-0.1803	0.0858	0.178	-0	0.3778	0.0025	0.0086	0.4022	-0.009	0.2922	55.9776	28.5511	14.9611
3	2.7532	0.3182	0.5987	2.7502	0.112	1.3506	0.2195	-0.1174	-0.5035	0.1448	-0.0965	-0.3891	0.3687	0.1203	0.002	0.4549	-0.0088	-0.0784	0.3243	0.0399	0.4422	68.7161	19.691	40.9436
4	2.3839	-0.7611	-0.5973	2.5884	1.1203	2.4956	-0.0481	-0.4716	-0.0479	0.6876	-0.0762	-0.0121	-0.1851	-0.1573	0.0005	0.512	-0.0848	-0.0755	0.5065	0.0259	0.4254	66.2989	43.6798	55.5524
5	3.1728	-0.7826	0.334	0.2481	0.0807	0.9731	0.0023	-0.0195	-0.281	-0.0042	0.0031	-0.0279	0.1356	0.0223	0.001	0.3701	0.0009	-0.0173	0.3441	-0.0405	0.2893	34.5835	-12.6953	26.4665
6	3.1412	0.531	-0.1951	1.7174	0.2466	0.2652	-0.0728	-0.3469	-0.4196	0.2805	0.0121	0.0407	0.0977	-0.0794	0.0038	0.3584	0.0384	-0.0397	0.4145	0.0159	0.3122	24.84	-14.9983	34.7004
7	1.6037	-0.4246	0.2484	3.0788	-0.4113	0.8634	-0.1335	0.3001	0.1635	-0.2298	0.1272	0.1343	-0.1376	-0.0248	0.0006	0.3251	-0.0796	-0.0581	0.4488	-0.0162	0.2613	9.838	0.9793	16.3236
8	1.3548	0.2519	-1.1574	1.4198	0.3324	1.1157	0.006	0.3573	0.1302	-0.2943	0.0536	0.4217	-0.0128	-0.3422	0.0046	0.3304	-0.0071	-0.1018	0.3967	0.0188	0.4027	-4.5191	-4.2929	22.1447
9	3.182	0.1942	-0.5172	3.0382	-0.3778	0.3427	0.1101	-0.183	0.5704	0.1802	0.0435	0.6611	-0.4891	-0.3381	0.0003	0.5198	0.04	0.1184	0.4044	-0.0311	0.706	-11.3955	13.3575	43.3995
10	1.3137	0.6025	-0.4955	1.4291	-0.9865	2.1263	0.1267	0.006	0.1924	0.1711	0.0025	0.3472	-0.1242	0.0627	0.0008	0.3252	-0.0009	0.0424	0.3081	-0.0433	0.3786	-3.8201	0.893	41.314
11	0.9946	0.5734	1.1367	1.833	-0.5527	2.6135	-0.104	-0.5549	0.2761	0.7342	-0.1266	0.2493	0.0015	-0.2292	0.0009	0.6328	-0.1048	0.0956	0.5963	-0.0276	0.4465	-3.6141	-9.8496	61.4781
12	1.7924	0.5069	1.2125	0.1512	0.206	1.5438	-0.1355	-0.4423	0.1554	0.5268	0.0625	-0.5624	0.0476	0.5783	-0.0009	1.0081	-0.0862	-0.164	1.1017	-0.0382	0.7997	25.8921	-6.6634	67.1512

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 259 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 260 through 468 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 469 through 699 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 700 through 885 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 13 through 122 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 123 through 225 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 226 through 425 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 426 through 483 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 484 through 605 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 606 through 771 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 772 through 859 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 860 through 1030 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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