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万見
- PDB-2p6r: Crystal structure of superfamily 2 helicase Hel308 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6r
タイトルCrystal structure of superfamily 2 helicase Hel308 in complex with unwound DNA
要素
  • 25-MER
  • 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*T)-3'
  • afUHEL308 HELICASE
キーワードDNA binding protein/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / SF2 HELICASE / ARCHAEAL HELICASE / DNA REPAIR / DNA binding protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / Sec63 N-terminal domain-like fold / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Buettner, K. / Nehring, S. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for DNA duplex separation by a superfamily-2 helicase.
著者: Buttner, K. / Nehring, S. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 1-691 MATCH THE GENBANK ACCESSION NP_071282. NO SUITABLE UNIPROT SEQUENCE ...SEQUENCE RESIDUES 1-691 MATCH THE GENBANK ACCESSION NP_071282. NO SUITABLE UNIPROT SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 25-MER
Y: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*T)-3'
A: afUHEL308 HELICASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3743
ポリマ－91,3743
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.379, 138.379, 252.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 25-MER


分子量: 7657.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*T)-3'


分子量: 4593.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 afUHEL308 HELICASE


分子量: 79122.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: pET-29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0; 22% MPD; 0.1M MgAcetate; 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2MPD11
3MgAcetate11
4Glycerol11
5H2O11
6MES12
7MPD12
8MgAcetate12
9Glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 54172 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.93
反射 シェル最高解像度: 3 Å / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 8.97 / Rsym value: 0.194 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→20 Å / σ(F): 611 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 2883 9.8 %
Rwork0.2317 --
obs-54172 97.9 %
溶媒の処理Bsol: 25.606 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 59.128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.49 Å2-12.242 Å20 Å2
2---3.49 Å20 Å2
3---6.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5406 813 0 0 6219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.258
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9482
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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