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万見
- PDB-1qln: STRUCTURE OF A TRANSCRIBING T7 RNA POLYMERASE INITIATION COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qln
タイトルSTRUCTURE OF A TRANSCRIBING T7 RNA POLYMERASE INITIATION COMPLEX
要素
  • BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE
  • DNA (5- D (P*CP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP* AP*TP*TP*A)-3)
  • DNA (5-D(P*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*A)-3)
  • RNA (5- R(PPP*GP*GP*G)-3)
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / T7 RNA POLYMERASE / PROTEIN/DNA/RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal ...Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cheetham, G.M.T. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Structure of a Transcribing T7 RNA Polymerase Initiation Complex
著者: Cheetham, G.M.T. / Steitz, T.A.
履歴
登録1999年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE
N: DNA (5-D(P*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*A)-3)
R: RNA (5- R(PPP*GP*GP*G)-3)
T: DNA (5- D (P*CP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP* AP*TP*TP*A)-3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0074
ポリマ－112,0074
非ポリマー00
水8,773487
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13420 Å2
ΔGint-2.6 kcal/mol
Surface area50780 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)221.200, 73.600, 80.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE T7 (ファージ) / プラスミド: PAR1219 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: EMBL: 431189, UniProt: P00573*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5-D(P*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*A)-3) / NON-TEMPLATE STRAND


分子量: 5154.387 Da / 分子数: 1 / Fragment: PROMOTER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACTERIOPHAGE T7 (ファージ)
#3: RNA鎖 RNA (5- R(PPP*GP*GP*G)-3)


分子量: 1150.619 Da / 分子数: 1 / Fragment: TRANSCRIPT / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5- D (P*CP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP* AP*TP*TP*A)-3) / TEMPLATE STRAND


分子量: 6717.352 Da / 分子数: 1 / Fragment: PROMOTER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACTERIOPHAGE T7 (ファージ)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8.7 / 詳細: pH 8.70
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.3 mMT7 RNAP11
20.35 mMT7 promoter11
34 mMribonucleotides GTP11
44 mMuridine 5'-triphosphate11
54 mMcytidine 5'-triphosphate11
64 mMalpha, beta-methylene ATP11
715 mM11MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 51405 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
Num. obs: 51537
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CEZ

1cez


解像度: 2.4→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2307 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 51475 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2---4.59 Å20 Å2
3---5.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6696 809 0 487 7992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 12 /
Rfactor反射数
Rfree0.47 215
Rwork0.45 3943
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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