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Yorodumi- PDB-5bv0: Crystal Structure of a Complex Between the SNARE Nyv1 and the HOP... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bv0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Complex Between the SNARE Nyv1 and the HOPS Vps33-Vps16 subcomplex from Chaetomium thermophilum | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Membrane trafficking / SM protein / HOPS complex / thermophile / SNARE domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information CORVET complex / HOPS complex / vacuole fusion, non-autophagic / fungal-type vacuole / endosomal transport / ligase activity / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / actin binding / membrane => GO:0016020 / endosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2015 Title: A direct role for the Sec1/Munc18-family protein Vps33 as a template for SNARE assembly. Authors: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Zick, M. / Phillips, B.P. / Wickner, W.T. / Hughson, F.M. #1: Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Crystal Structures of the Sec1/Munc18 (SM) Protein Vps33, Alone and Bound to the Homotypic Fusion and Vacuolar Protein Sorting (HOPS) Subunit Vps16* Authors: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bv0.cif.gz | 354 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bv0.ent.gz | 288.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bv0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bv0_validation.pdf.gz | 455.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bv0_full_validation.pdf.gz | 473.1 KB | Display | |
Data in XML | 5bv0_validation.xml.gz | 30.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5bv0_validation.cif.gz | 41 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5buzC 5bv1C 4kmoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | authors have used gel filtration to support the active biological unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 73990.117 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0057760 / Plasmid: pQLinkH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G0SCM5 |
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#2: Protein | Mass: 26005.645 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Gene: VPS16 / Plasmid: pQLinkH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G0S6M7*PLUS |
#3: Protein/peptide | Mass: 4830.799 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0032860 / Plasmid: pQLinkH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G0S5G3 |
Sequence details | THE SAMPLE SEQEUNCE CORRESPONDING TO CHAIN C IS THE FOLLOWING: ...THE SAMPLE SEQEUNCE CORRESPOND |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.58 Å3/Da / Density % sol: 73.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: TRIS-HCl buffer, 0.8M Na Tartrate, 0.5% w/v PEG 5000 monomethyl ether |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.05→50 Å / Num. obs: 38474 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.982 / Net I/av σ(I): 23.84 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 276083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4KMO Resolution: 3.1→49.466 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 347.38 Å2 / Biso mean: 116.1143 Å2 / Biso min: 32.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→49.466 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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