[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-2w54: Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase from Rhodobacter caps... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2w54 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase from Rhodobacter capsulatus in Complex with Bound Inhibitor Pterin-6-aldehyde | ||||||
![]() | (XANTHINE DEHYDROGENASE) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / XANTHINE OXIDASE / PURINE CATABOLISM / P6A / IRON / IRON-SULFUR / METAL-BINDING / MOLYBDENUM COFACTOR | ||||||
Function / homology | ![]() 1.1.1.204 / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Doebbler, J.A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism of Substrate and Inhibitor Binding of Rhodobacter Capsulatus Xanthine Dehydrogenase. Authors: Dietzel, U. / Kuper, J. / Doebbler, J.A. / Schulte, A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 877.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 708.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 155.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 209 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2w3rC ![]() 2w3sC ![]() 2w55C ![]() 1jroS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-
Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 49420.508 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 82978.031 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 24 molecules ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/XAX.gif)
![](data/chem/img/BA.gif)
![](data/chem/img/HHR.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/XAX.gif)
![](data/chem/img/BA.gif)
![](data/chem/img/HHR.gif)
#3: Chemical | ChemComp-FES / #4: Chemical | ChemComp-FAD / #5: Chemical | ChemComp-XAX / {[( #6: Chemical | ChemComp-BA / #7: Chemical | ChemComp-HHR / |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.26 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 100 MM TRIS PH 8.3, 6-8 % PEG 8000, 6-8 MM BACL, 5-25 MM DTT, 3-4 % ISOPROPANOL, 10-15 MG/ML PROTEIN, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Details: A DOUBLY FOCUSING TOROIDAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→50 Å / Num. obs: 102161 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.36 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.6 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1JRO Resolution: 3.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 43.602 / SU ML: 0.33 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.466 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.23 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|