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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w54 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase from Rhodobacter capsulatus in Complex with Bound Inhibitor Pterin-6-aldehyde | ||||||
![]() | (XANTHINE DEHYDROGENASE) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / XANTHINE OXIDASE / PURINE CATABOLISM / P6A / IRON / IRON-SULFUR / METAL-BINDING / MOLYBDENUM COFACTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() 1.1.1.204 / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Doebbler, J.A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of Substrate and Inhibitor Binding of Rhodobacter Capsulatus Xanthine Dehydrogenase. 著者: Dietzel, U. / Kuper, J. / Doebbler, J.A. / Schulte, A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 877.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 708.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 155.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 209 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 49420.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PSL207 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 82978.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PSL207 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 24分子 








#3: 化合物 | ChemComp-FES / #4: 化合物 | ChemComp-FAD / #5: 化合物 | ChemComp-XAX / {[( #6: 化合物 | ChemComp-BA / #7: 化合物 | ChemComp-HHR / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 100 MM TRIS PH 8.3, 6-8 % PEG 8000, 6-8 MM BACL, 5-25 MM DTT, 3-4 % ISOPROPANOL, 10-15 MG/ML PROTEIN, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: A DOUBLY FOCUSING TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 102161 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JRO 解像度: 3.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 43.602 / SU ML: 0.33 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å
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拘束条件 |
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