[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-2w3r: Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase (desulfo form) from R... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2w3r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase (desulfo form) from Rhodobacter capsulatus in complex with hypoxanthine | ||||||
![]() | (XANTHINE DEHYDROGENASE) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / XDH / GOUT / IRON / XANTHINE / IRON-SULFUR / MOLYBDENUM COFACTOR / HYPOXANTHINE / METAL-BINDING | ||||||
Function / homology | ![]() 1.1.1.204 / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dietzel, U. / Kuper, J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism of Substrate and Inhibitor Binding of Rhodobacter Capsulatus Xanthine Dehydrogenase. Authors: Dietzel, U. / Kuper, J. / Doebbler, J.A. / Schulte, A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 894.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 724.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 161.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 215.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2w3sC ![]() 2w54C ![]() 2w55C ![]() 1jroS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-
Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 49420.508 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 82978.031 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 7 types, 109 molecules ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MTE.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HPA.gif)
![](data/chem/img/MOM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MTE.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HPA.gif)
![](data/chem/img/MOM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-FES / #4: Chemical | ChemComp-FAD / #5: Chemical | ChemComp-MTE / #6: Chemical | ChemComp-CA / #7: Chemical | ChemComp-HPA / #8: Chemical | ChemComp-MOM / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 59.6 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 8.3 Details: 7.5 MM BACL2, 8% PEG 8000, 100 MM TRIS-HCL PH 8.3, 25 MM DTT AND 3% ISOPROPANOL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2008 |
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→51.03 Å / Num. obs: 183839 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.72 Å / Redundancy: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / % possible all: 97.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1JRO Resolution: 2.9→51.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 19.624 / SU ML: 0.362 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.09 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→51.23 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|