PDB-6pqh: Crystal structure of Asparagine-tRNA ligase from Elizabethkingia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pqh

タイトル

Crystal structure of Asparagine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp. CCUG 26117

要素

Asparagine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia sp. CCUG 26117 / Asparagine--tRNA ligase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine-tRNA ligase / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Asparagine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp. CCUG 26117
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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CIF形式データ	6pqh_validation.cif.gz	109.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqh	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2okx-1 4i0w-d 6dx0-d 5aor-2 4q15-d 3ilv-2 6iv9-d 2q8i-1 3crk-d 1y8p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ElmeA.00825.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Asparagine--tRNA ligase

B: Asparagine--tRNA ligase

C: Asparagine--tRNA ligase

D: Asparagine--tRNA ligase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparagine--tRNA ligase

B: Asparagine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Asparagine--tRNA ligase

D: Asparagine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.400, 110.750, 137.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.090, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Asparagine--tRNA ligase / Asparaginyl-tRNA synthetase / AsnRS 分子量: 56703.141 Da / 分子数: 4 / 断片: ElmeA.00825.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Elizabethkingia sp. (バクテリア) 遺伝子: asnS / プラスミド: ElmeA.00825.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: X5KA67, asparagine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, condition a9: 200mM ammonium chloride, 20% (w/V) PEG 3350: ElmeA.00825.a.B1.PW38356 at 24.45mg/ml: grown at 14C: cryo: 20% EG: tray 295595 a9: puck ipi5-9.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→35.567 Å / Num. obs: 134701 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.232 % / B_iso Wilson estimate: 35.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 14.98 / Num. measured all: 570031 / Scaling rejects: 78

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	4.236	0.575	2.55	42456	10035	10023	0.846	0.659	99.9
2.05-2.11	4.244	0.476	3.12	40746	9611	9600	0.89	0.547	99.9
2.11-2.17	4.244	0.381	3.87	40089	9445	9445	0.938	0.437	100
2.17-2.24	4.248	0.315	4.68	38742	9131	9121	0.952	0.362	99.9
2.24-2.31	4.25	0.253	5.75	37685	8871	8867	0.971	0.29	100
2.31-2.39	4.259	0.213	6.82	36506	8587	8572	0.979	0.245	99.8
2.39-2.48	4.252	0.168	8.47	35278	8302	8297	0.987	0.193	99.9
2.48-2.58	4.26	0.147	9.55	33864	7961	7950	0.99	0.168	99.9
2.58-2.7	4.248	0.122	11.15	32622	7688	7680	0.993	0.14	99.9
2.7-2.83	4.253	0.1	13.56	30908	7281	7268	0.995	0.114	99.8
2.83-2.98	4.235	0.074	16.78	29384	6947	6938	0.997	0.085	99.9
2.98-3.16	4.235	0.06	20.14	27967	6614	6603	0.998	0.069	99.8
3.16-3.38	4.233	0.046	24.43	26294	6220	6212	0.999	0.053	99.9
3.38-3.65	4.217	0.036	29.96	24268	5758	5755	0.999	0.041	99.9
3.65-4	4.199	0.029	33.93	22357	5333	5324	0.999	0.033	99.8
4-4.47	4.198	0.024	39.43	20246	4822	4823	1	0.028	100
4.47-5.16	4.21	0.022	41.75	17897	4256	4251	1	0.026	99.9
5.16-6.32	4.189	0.024	39.45	15067	3600	3597	1	0.027	99.9
6.32-8.94	4.124	0.021	40.99	11631	2821	2820	1	0.024	100
8.94-35.567	3.874	0.018	41.42	6024	1587	1555	0.999	0.021	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_3500	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MR-Rosetta model

解像度: 2→35.567 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.93

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2307	2071	1.54 %	0
R_work	0.1807	-	-	-
obs	0.1814	134461	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.74 Å² / B_iso mean: 37.6761 Å² / B_iso min: 13.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→35.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15180	0	8	1205	16393
B_iso mean	-	-	42.34	41.03	-
残基数	-	-	-	-	1899

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0465	0.336	138	0.2554	8845	100
2.0465-2.0977	0.2639	145	0.2377	8791	100
2.0977-2.1544	0.2589	147	0.2173	8761	100
2.1544-2.2178	0.2445	140	0.2102	8789	100
2.2178-2.2894	0.2321	143	0.1991	8803	100
2.2894-2.3712	0.2755	124	0.1884	8835	100
2.3712-2.4661	0.2441	138	0.1893	8829	100
2.4661-2.5783	0.2559	133	0.1905	8828	100
2.5783-2.7142	0.2272	147	0.1902	8806	100
2.7142-2.8842	0.244	129	0.1879	8811	100
2.8842-3.1068	0.239	148	0.1883	8837	100
3.1068-3.4192	0.2278	155	0.1818	8826	100
3.4192-3.9134	0.2106	146	0.1621	8857	100
3.9134-4.9284	0.2194	115	0.1434	8910	100
4.9284-35.56	0.1845	123	0.174	8862	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6837	0.2525	0.7512	1.8246	0.0276	4.0085	-0.1206	0.2955	-0.0912	-0.3744	0.0567	-0.0669	0.1758	-0.0107	0.0436	0.2949	0.027	0.0462	0.1644	0.0086	0.1929	-12.4856	-26.6584	-83.7545
2	0.4236	0.0713	-0.2277	0.9902	0.1285	0.754	0.0341	-0.2083	-0.089	0.1203	-0.0402	-0.1472	-0.0117	0.2667	-0.0233	0.1706	0.0056	-0.006	0.3124	0.0818	0.1849	-11.0142	-12.7355	-46.7692
3	0.5341	0.1709	-0.1689	0.9797	-0.0735	0.7924	-0.0186	-0.1578	-0.122	0.1857	-0.0141	0.0272	0.1211	0.1261	0.0223	0.2083	0.0415	0.006	0.2291	0.0858	0.1902	-22.9974	-26.112	-42.7178
4	3.4427	-0.7751	-0.8438	3.1186	0.0921	2.796	-0.0231	-0.4545	-0.0363	0.2817	0.1788	0.4927	-0.2396	-0.5645	-0.1078	0.2721	0.0633	0.0462	0.3644	0.0862	0.3098	-11.8746	4.833	30.2704
5	0.8929	-0.3636	-0.0867	1.4248	0.2061	1.0783	0.041	-0.0709	0.0089	-0.1548	-0.0248	-0.0478	-0.1196	0.0924	-0.0011	0.2143	-0.0502	-0.04	0.1563	0.0023	0.1888	15.1495	-4.4724	9.4128
6	0.4367	-0.4147	-0.0836	2.0402	-0.1558	0.6248	0.1572	-0.0923	0.338	-0.1845	-0.1265	-0.4621	-0.3559	0.2634	-0.054	0.4376	-0.102	0.0781	0.2836	-0.0007	0.4192	27.9244	7.7238	-6.6515
7	0.4874	-0.7356	-0.3114	1.0191	0.2241	1.3194	0.038	-0.067	0.0152	-0.1867	-0.0413	-0.0914	-0.0654	0.1618	-0.0416	0.2087	-0.0592	-0.0119	0.1953	0.0003	0.2619	23.6725	-7.9107	3.1661
8	2.4871	0.1505	0.881	1.487	0.1445	3.4903	0.0444	0.3003	-0.1314	-0.1853	-0.0257	0.0719	0.1529	-0.0728	-0.0439	0.4055	0.0085	-0.0768	0.1973	-0.0171	0.2782	12.7862	-28.5886	-16.0372
9	0.9902	-0.0966	0.0445	1.5322	0.245	1.0775	-0.0167	-0.1913	-0.179	0.0608	0.0351	0.0132	0.0957	0.071	-0.0382	0.2201	-0.0232	-0.0476	0.2297	0.0663	0.2177	14.226	-14.8141	20.968
10	0.5633	-0.7288	-0.4296	1.4123	0.2383	0.8333	-0.2029	-0.2942	-0.4082	0.1559	0.1581	0.5115	0.2766	0.0045	0.0358	0.3305	-0.0191	-0.0121	0.3623	0.1796	0.5027	2.0877	-27.8996	24.6091
11	3.6793	-0.4099	-0.3518	2.6245	0.1485	3.5345	0.1265	-0.2362	0.1678	0.2566	0.1069	0.399	-0.3578	-0.4057	-0.1759	0.2783	0.017	0.1261	0.2487	0.0424	0.298	-37.4657	6.7025	-37.3667
12	0.7437	-0.0424	-0.1641	1.1203	-0.049	1.0843	0.0838	-0.1198	0.0469	0.0181	-0.0673	-0.1329	-0.1514	0.2282	-0.0087	0.1644	-0.0334	0.0051	0.2218	0.034	0.1698	-10.2929	-2.5249	-58.5206
13	1.4853	-0.2398	-0.371	2.2775	-0.4581	1.1994	0.1469	-0.1718	0.3976	0.1056	-0.1477	-0.4655	-0.3505	0.3892	-0.0564	0.3422	-0.0967	0.0697	0.3481	0.0099	0.364	2.2859	9.4494	-74.6387
14	0.3943	-0.1574	-0.4293	0.8167	0.1172	1.3906	0.0919	-0.1376	-0.0035	-0.0408	-0.0601	-0.2048	-0.0819	0.3153	-0.0307	0.1652	-0.0276	0.0153	0.2945	0.0396	0.274	-1.6972	-5.9754	-64.7157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid -1 through 129 )	B	-1 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 130 through 256 )	B	130 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 257 through 482 )	B	257 - 482
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 2 through 115 )	C	2 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 116 through 319 )	C	116 - 319
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 320 through 394 )	C	320 - 394
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 395 through 482 )	C	395 - 482
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 1 through 129 )	D	1 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 130 through 256 )	D	130 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 257 through 482 )	D	257 - 482
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 1 through 115 )	A	1 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 116 through 319 )	A	116 - 319
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 320 through 394 )	A	320 - 394
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 395 through 482 )	A	395 - 482

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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