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- PDB-7n3d: Crystal Structure of Human Fab S24-1564 in the complex with the N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n3d
タイトルCrystal Structure of Human Fab S24-1564 in the complex with the N-terminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2
要素
  • (S24-1564 Fab ...) x 2
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS Coronavirus 2 / Nucleocapsid protein / Human antibody Fab / COVID-19 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Immunoglobulins ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Dugan, H. / Stamper, C. / Wilson, P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2024
タイトル: Epitopes recognition of SARS-CoV-2 nucleocapsid RNA binding domain by human monoclonal antibodies.
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Ma, H. / Dugan, H.L. / Stamper, C.T. / Chang, C. / Li, L. / Changrob, S. / Zheng, N.Y. / Huang, M. / Ramanathan, A. / ...著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Ma, H. / Dugan, H.L. / Stamper, C.T. / Chang, C. / Li, L. / Changrob, S. / Zheng, N.Y. / Huang, M. / Ramanathan, A. / Wilson, P. / Michalska, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2021年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: S24-1564 Fab heavy chain
L: S24-1564 Fab light chain
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,31616
ポリマ－61,6693
非ポリマー64713
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.927, 67.318, 86.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.643, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 14303.961 Da / 分子数: 1 / Fragment: CoV N NTD domain, residues 47-173 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: P0DTC9

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 S24-1564 Fab heavy chain


分子量: 23950.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S24-1564 Fab light chain


分子量: 23413.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 407分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 81619 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 21.23 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 2795 / CC1/2: 0.412 / % possible all: 66.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBIDs 5KKU, 5O4G, 6IEB

5kku

5o4g

6ieb


解像度: 1.53→39.51 Å / SU ML: 0.1753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.7602
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1902 3930 4.82 %
Rwork0.1572 77630 -
obs0.1588 81560 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→39.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4164 0 34 394 4592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00944640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0156351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4671695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.540.3202800.26721471X-RAY DIFFRACTION50.77
1.54-1.560.27411150.27092033X-RAY DIFFRACTION70.89
1.56-1.580.3044920.26322451X-RAY DIFFRACTION83.54
1.58-1.60.30871420.24642646X-RAY DIFFRACTION90.76
1.6-1.620.30281110.23462763X-RAY DIFFRACTION94.6
1.62-1.650.32351330.24162810X-RAY DIFFRACTION96.43
1.65-1.670.31331560.20772806X-RAY DIFFRACTION98.27
1.67-1.70.25711470.19042885X-RAY DIFFRACTION98.67
1.7-1.730.22761560.17792851X-RAY DIFFRACTION98.82
1.73-1.760.21351170.15952912X-RAY DIFFRACTION99.12
1.76-1.80.22221440.15472891X-RAY DIFFRACTION98.86
1.8-1.830.20731470.1482838X-RAY DIFFRACTION98.51
1.83-1.870.18551490.14112885X-RAY DIFFRACTION99.48
1.87-1.920.19161480.13692901X-RAY DIFFRACTION99.64
1.92-1.960.20071320.14212920X-RAY DIFFRACTION99.32
1.96-2.020.17741520.13682847X-RAY DIFFRACTION99.37
2.02-2.080.16981380.14792871X-RAY DIFFRACTION99.01
2.08-2.140.18941640.14042881X-RAY DIFFRACTION98.67
2.14-2.220.1891450.13812881X-RAY DIFFRACTION98.09
2.22-2.310.17471680.14252850X-RAY DIFFRACTION99.57
2.31-2.410.18981310.14412931X-RAY DIFFRACTION99.64
2.41-2.540.19611680.15642890X-RAY DIFFRACTION99.51
2.54-2.70.20511410.15732858X-RAY DIFFRACTION98.55
2.7-2.910.18581400.16842870X-RAY DIFFRACTION97.89
2.91-3.20.18211680.16182915X-RAY DIFFRACTION99.48
3.2-3.660.19921490.15362905X-RAY DIFFRACTION99.61
3.66-4.610.13791530.142893X-RAY DIFFRACTION98.26
4.61-39.510.18291440.15962975X-RAY DIFFRACTION98.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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