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- PDB-1yjd: Crystal structure of human CD28 in complex with the Fab fragment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yjd
タイトルCrystal structure of human CD28 in complex with the Fab fragment of a mitogenic antibody (5.11A1)
要素
  • Fab fragment of 5.11A1 antibody heavy chain
  • Fab fragment of 5.11A1 antibody light chain
  • T-cell-specific surface glycoprotein CD28
キーワードIMMUNE SYSTEM/SIGNALING PROTEIN / IgSF / CD28 homodimer / IMMUNE SYSTEM-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Co-stimulation by CD28 ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Co-stimulation by CD28 / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of interleukin-4 production / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / immunological synapse / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / T cell activation / positive regulation of translation / positive regulation of cytokine production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
T cell antigen CD28 / ICOS V-set domain / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell-specific surface glycoprotein CD28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Evans, E.J. / Esnouf, R.M. / Manso-Sancho, R. / Gilbert, R.J.C. / James, J.R. / Sorensen, P. / Stuart, D.I. / Davis, S.J.
引用ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a soluble CD28-Fab complex.
著者: Edward J Evans / Robert M Esnouf / Raquel Manso-Sancho / Robert J C Gilbert / John R James / Chao Yu / Janet A Fennelly / Cheryl Vowles / Thomas Hanke / Björn Walse / Thomas Hünig / Poul ...著者: Edward J Evans / Robert M Esnouf / Raquel Manso-Sancho / Robert J C Gilbert / John R James / Chao Yu / Janet A Fennelly / Cheryl Vowles / Thomas Hanke / Björn Walse / Thomas Hünig / Poul Sørensen / David I Stuart / Simon J Davis /
要旨: Naive T cell activation requires signaling by the T cell receptor and by nonclonotypic cell surface receptors. The most important costimulatory protein is the monovalent homodimer CD28, which ...Naive T cell activation requires signaling by the T cell receptor and by nonclonotypic cell surface receptors. The most important costimulatory protein is the monovalent homodimer CD28, which interacts with CD80 and CD86 expressed on antigen-presenting cells. Here we present the crystal structure of a soluble form of CD28 in complex with the Fab fragment of a mitogenic antibody. Structural comparisons redefine the evolutionary relationships of CD28-related proteins, antigen receptors and adhesion molecules and account for the distinct ligand-binding and stoichiometric properties of CD28 and the related, inhibitory homodimer CTLA-4. Cryo-electron microscopy-based comparisons of complexes of CD28 with mitogenic and nonmitogenic antibodies place new constraints on models of antibody-induced receptor triggering. This work completes the initial structural characterization of the CD28-CTLA-4-CD80-CD86 signaling system.
履歴
登録2005年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab fragment of 5.11A1 antibody light chain
H: Fab fragment of 5.11A1 antibody heavy chain
C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9456
ポリマ－63,2823
非ポリマー6643
水3,657203
1
L: Fab fragment of 5.11A1 antibody light chain
H: Fab fragment of 5.11A1 antibody heavy chain
C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
ヘテロ分子

L: Fab fragment of 5.11A1 antibody light chain
H: Fab fragment of 5.11A1 antibody heavy chain
C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,89112
ポリマ－126,5646
非ポリマー1,3276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)191.219, 47.417, 71.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: 1-x, y, 1-z.

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要素

#1: 抗体 Fab fragment of 5.11A1 antibody light chain


分子量: 23388.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab fragment of 5.11A1 antibody heavy chain


分子量: 24108.939 Da / 分子数: 1 / Fragment: IgV and IgC1 domains / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 / TP44


分子量: 15784.077 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD28 / プラスミド: PEE14
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: P10747
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG 3350, magnesium formate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 18408 / Num. obs: 17413 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.15
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→25 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 842 4.7 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all0.239 17402 --
obs0.248 17402 96.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.538 Å20 Å2-4.28 Å2
2---3.91 Å20 Å2
3----14.629 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 42 203 4493
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.78 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.414 72
Rwork0.366 -
obs-1437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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