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- PDB-1r44: Crystal Structure of VanX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r44
タイトルCrystal Structure of VanX
要素D-alanyl-D-alanine dipeptidase
キーワードHYDROLASE / VanX / E.faecium / dipeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-Ala-D-Ala dipeptidase activity / D-Ala-D-Ala dipeptidase / cell wall organization / metallopeptidase activity / response to antibiotic / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
D-alanyl-D-alanine dipeptidase / D-ala-D-ala dipeptidase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-alanyl-D-alanine dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pratt, S.D. / Katz, L. / Severin, J.M. / Holzman, T. / Park, C.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / : 1998
タイトル: The Structure of VanX Reveals a Novel Amino-Dipeptidase Involved in Mediating Transposon-Based Vancomycin Resistance
著者: Bussiere, D.E. / Pratt, S.D. / Katz, L. / Severin, J.M. / Holzman, T. / Park, C.H.
履歴
登録2003年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
B: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
C: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
D: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
E: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
F: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,84112
ポリマ-140,4496
非ポリマー3926
21612
1
A: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4742
ポリマ-23,4081
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4742
ポリマ-23,4081
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4742
ポリマ-23,4081
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4742
ポリマ-23,4081
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4742
ポリマ-23,4081
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: D-alanyl-D-alanine dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4742
ポリマ-23,4081
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.597, 44.694, 169.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
D-alanyl-D-alanine dipeptidase / D-Ala-D-Ala dipeptidase / Vancomycin B-type resistance protein vanX


分子量: 23408.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: VANX / プラスミド: pGW1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): w3110
参照: UniProt: Q06241, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: ammonium sulfate, PEG-monomethyl ester 5000, zinc chloride, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1997年10月1日
放射モノクロメーター: Dual Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 56541 / Num. obs: 44765 / % possible obs: 79.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.25→50 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 4512 -Random
Rwork0.254 ---
all0.258 56541 --
obs0.258 44756 79.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9906 0 6 12 9924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.72
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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