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万見
- PDB-2eng: ENDOGLUCANASE V -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eng
タイトルENDOGLUCANASE V
要素ENDOGLUCANASE V
キーワードHYDROLASE (ENDOGLUCANASE) / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 45 / : / Glycosyl hydrolase family 45 / Glycosyl hydrolases family 45 active site. / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Davies, G.J. / Schulein, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structures of oligosaccharide-bound forms of the endoglucanase V from Humicola insolens at 1.9 A resolution.
著者: Davies, G.J. / Tolley, S.P. / Henrissat, B. / Hjort, C. / Schulein, M.
履歴
登録1995年6月29日処理サイト: BNL
置き換え1996年12月7日ID: 1ENG
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5461
ポリマ－22,5461
非ポリマー00
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.110, 51.680, 45.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE V


分子量: 22545.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Humicola insolens (菌類) / 参照: UniProt: P43316, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENDOGLUCANASE V IS IN GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 45.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlenzyme1drop
220 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
310-22 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.48 Å

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解析

ソフトウェア名称: SHELXL / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.5→10 Å
詳細: THE SECOND (LESSER) CONFORMATION FOR THE SIDE CHAIN OF ASP 121 MAKES A STERIC CLASH WITH THE SIDE CHAIN OF HIS 119. HIS 119 HAS THEREFORE BEEN REFINED WITH A PARTIAL OCCUPANCY OF 0.6. THE ...詳細: THE SECOND (LESSER) CONFORMATION FOR THE SIDE CHAIN OF ASP 121 MAKES A STERIC CLASH WITH THE SIDE CHAIN OF HIS 119. HIS 119 HAS THEREFORE BEEN REFINED WITH A PARTIAL OCCUPANCY OF 0.6. THE ISOTROPIC TEMPERATURE FACTORS GIVEN ARE CALCULATED BY CONVERSION FROM THE ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS. A COORDINATE SET WITH ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS WILL BE SUBMITTED SOON.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.154 --
obs0.105 -97 %
all-28814 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1567 0 0 244 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0120.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELX / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.105
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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