+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w44 | ||||||
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Title | Crystal structure of RsbX, selenomethionine derivative | ||||||
Components | Phosphoserine phosphatase RsbX | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Signaling protein / Gene Expression Regulation / Stressosome / Environmental stress / Phosphoric Monoester Hydrolases / Dephosphorylation / Protein Structure / Tertiary / phosphatase / Hydrolase Protein phosphatase / magnesium/manganese binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to heat Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / MAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Teh, A.H. / Makino, M. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2015 Title: Structure of the RsbX phosphatase involved in the general stress response of Bacillus subtilis Authors: Teh, A.H. / Makino, M. / Hoshino, T. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w44.cif.gz | 174.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w44.ent.gz | 147.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w44.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w44 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 22359.611 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Strain: 168 / Gene: BSU04740, rsbX / Plasmid: pTYB11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) / References: UniProt: P17906, phosphoserine phosphatase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 27% PEG 4000, 90mM Tris-HCl, 0.18M MgCl2, 0.12M MnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU JUPITER 210 / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2009 / Details: Toroidal Mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.97 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 19928 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 13.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 87.4 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 13881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 16.095 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.4487 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.253 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.917 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 22.4699 Å / Origin y: 21.5636 Å / Origin z: 52.0045 Å
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Refinement TLS group |
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