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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vlw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution | ||||||
要素 | 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / TM0066 / 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXOGLUTARATE ALDOLASE / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / lyase activity / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vlw.cif.gz | 128.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vlw.ent.gz | 100.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vlw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1euaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 202 / Label seq-ID: 16 - 214
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23728.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / 遺伝子: TM0066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WXS1, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase, 4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月12日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→34.14 Å / Num. obs: 25311 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 50.2 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1556 / Rsym value: 0.681 / % possible all: 82.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1eua 解像度: 2.3→34.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 15.777 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: UNACCOUNTED DENSITY NEXT TO RESIDUE 17,40,69,129 AND 178 IN ALL THREE CHAINS. DISULFIDE BOND BETWEEN CYS165-CYS203 LOOKS PARTIAL WITH ALTERNATE CONFORMATIONS PRESENT BUT UNMODELLED. POTENTIAL ...詳細: UNACCOUNTED DENSITY NEXT TO RESIDUE 17,40,69,129 AND 178 IN ALL THREE CHAINS. DISULFIDE BOND BETWEEN CYS165-CYS203 LOOKS PARTIAL WITH ALTERNATE CONFORMATIONS PRESENT BUT UNMODELLED. POTENTIAL DISULFIDE BOND BETWEEN CYS76-CYS100. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.14 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2925 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 4 - 202 / Label seq-ID: 16 - 214
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