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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w44 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RsbX, selenomethionine derivative | ||||||
要素 | Phosphoserine phosphatase RsbX | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Signaling protein / Gene Expression Regulation / Stressosome / Environmental stress (ストレス (生体)) / Phosphoric Monoester Hydrolases / Dephosphorylation (脱リン酸化) / Protein Structure (タンパク質構造) / Tertiary (第三紀) / phosphatase (ホスファターゼ) / Hydrolase Protein phosphatase (加水分解酵素) / magnesium/manganese binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホスホセリンホスファターゼ / L-phosphoserine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to heat 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Teh, A.H. / Makino, M. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Structure of the RsbX phosphatase involved in the general stress response of Bacillus subtilis 著者: Teh, A.H. / Makino, M. / Hoshino, T. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3w44.cif.gz | 174.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3w44.ent.gz | 147.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3w44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w44 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22359.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU04740, rsbX / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) 参照: UniProt: P17906, ホスホセリンホスファターゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 27% PEG 4000, 90mM Tris-HCl, 0.18M MgCl2, 0.12M MnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月6日 / 詳細: Toroidal Mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.97 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19928 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 13.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 87.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 13881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 16.095 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.4487 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.253 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.917 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.4699 Å / Origin y: 21.5636 Å / Origin z: 52.0045 Å
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精密化 TLSグループ |
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