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- PDB-4hjv: Crystal structure of E. coli MltE with bound bulgecin and murodip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hjv
タイトルCrystal structure of E. coli MltE with bound bulgecin and murodipeptide
要素Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / goose type lysozyme-like structure / lytic transglycosylase / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / lytic endotransglycosylase activity / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / cell division
類似検索 - 分子機能
Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BLG / Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fibriansah, G. / Gliubich, F.I. / Thunnissen, A.-M.W.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: On the Mechanism of Peptidoglycan Binding and Cleavage by the endo-Specific Lytic Transglycosylase MltE from Escherichia coli.
著者: Fibriansah, G. / Gliubich, F.I. / Thunnissen, A.M.
履歴
登録2012年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年10月24日ID: 3T4I
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
B: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
C: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
D: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
E: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,02915
ポリマ－111,0415
非ポリマー3,98810
水8,593477
1
A: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2573
ポリマ－22,2081
非ポリマー1,0492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8573
ポリマ－22,2081
非ポリマー6492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3534
ポリマ－22,2081
非ポリマー1,1453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2573
ポリマ－22,2081
非ポリマー1,0492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3042
ポリマ－22,2081
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.778, 94.853, 162.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Endo-type membrane-bound lytic murein transglycosylase A / Peptidoglycan lytic endotransglycosylase


分子量: 22208.146 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 17-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: emtA, mltE, sltZ, ycgP, b1193, JW5821 / プラスミド: pMT429-emtA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
参照: UniProt: P0C960, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-BLG / 4-O-(4-O-SULFONYL-N-ACETYLGLUCOSAMININYL)-5-METHYLHYDROXY-L-PROLINE-TAURINE / BULGECIN A / 2α-[[2-(スルホナト)エチル]カルバモイル]-4α-[[2-(アセチルアミノ)-4-O-(スルホナト)-2-デオ(以下略)


分子量: 552.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30N3O14S2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M lithium sulfate, 15% PEG8000, 20 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.842 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111), horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→23 Å / Num. obs: 54621 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 13.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T36

3t36


解像度: 2.3→22.758 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 5514 10.12 %
Rwork0.1627 --
obs0.1668 54478 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→22.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7069 0 257 477 7803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18510222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2132874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.24175450.18874789X-RAY DIFFRACTION99
2.3822-2.47750.23645660.17374816X-RAY DIFFRACTION100
2.4775-2.59010.2155650.16034811X-RAY DIFFRACTION100
2.5901-2.72640.21765520.16694880X-RAY DIFFRACTION100
2.7264-2.89690.21525490.16464850X-RAY DIFFRACTION100
2.8969-3.12010.23215450.16984882X-RAY DIFFRACTION100
3.1201-3.43310.21425480.17364924X-RAY DIFFRACTION100
3.4331-3.92770.19335090.1644956X-RAY DIFFRACTION100
3.9277-4.94010.17235420.14235000X-RAY DIFFRACTION100
4.9401-22.75930.18985930.16215056X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8108-0.01120.22552.0208-0.6261.3002-0.0625-0.1006-0.07210.1640.0173-0.1883-0.0195-0.09850.03850.2655-0.003-0.06220.2538-0.05650.209357.018841.324955.6201
21.56410.18410.24952.1087-0.1532.2588-0.0071-0.04780.0912-0.02010.10630.1224-0.0587-0.0934-0.10260.156-0.0072-0.02110.1854-0.01620.232548.031568.424433.9489
31.9341-0.3049-0.63792.5553-0.66053.31640.13660.04570.27480.1001-0.1728-0.1474-0.36720.29070.02330.1711-0.02340.00240.24780.01710.220614.888351.655459.8174
42.2709-0.0951-0.72771.9857-0.13343.2669-0.10720.2702-0.1602-0.0894-0.01820.3295-0.0451-0.26640.11570.27370.0535-0.06140.33180.04420.42278.100555.37424.6002
52.528-0.1524-0.02812.2685-0.08924.4356-0.07480.0131-0.2409-0.1301-0.0366-0.19860.59260.23070.09310.33720.0444-0.00040.21710.01950.212942.256287.698467.8952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 203 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 19 through 203 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 19 through 203 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 22 through 203 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 19 through 203 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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