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Yorodumi- PDB-6wkp: Crystal structure of RNA-binding domain of nucleocapsid phosphopr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wkp | ||||||
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Title | Crystal structure of RNA-binding domain of nucleocapsid phosphoprotein from SARS CoV-2, monoclinic crystal form | ||||||
Components | Nucleoprotein | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN / CSGID / COVID-19 / SARS COV-2 / RNA-binding domain / nucleocapsid protein / nucleoprotein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / RNA stem-loop binding / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding ...cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / RNA stem-loop binding / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / molecular condensate scaffold activity / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / NOD1/2 Signaling Pathway / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / viral capsid / Interferon alpha/beta signaling / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.67 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Maltseva, N. / Endres, M. / Godzik, A. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Iscience / Year: 2024 Title: Epitopes recognition of SARS-CoV-2 nucleocapsid RNA binding domain by human monoclonal antibodies. Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Ma, H. / Dugan, H.L. / Stamper, C.T. / Chang, C. / Li, L. / Changrob, S. / Zheng, N.Y. / Huang, M. / Ramanathan, A. / ...Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Ma, H. / Dugan, H.L. / Stamper, C.T. / Chang, C. / Li, L. / Changrob, S. / Zheng, N.Y. / Huang, M. / Ramanathan, A. / Wilson, P. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wkp.cif.gz | 192.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wkp.ent.gz | 152.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wkp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wkp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6vyoSC 7n3cC 7n3dC 7strC 7stsC 7sueC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14102.780 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RNA-binding domain (UNP residues 47-173) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P0DTC9 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M MES, 30% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.67→50 Å / Num. obs: 14108 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6VYO Resolution: 2.67→35.61 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.52
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.84 Å2 / Biso mean: 47.6316 Å2 / Biso min: 0.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.67→35.61 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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