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- PDB-6b7e: Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b7e
タイトルCrystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-4-(5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethylisochroman-1-one
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CoaD
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CWA / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Proudfoot, A.W. / Bussiere, D. / Lingel, A.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: High-Confidence Protein-Ligand Complex Modeling by NMR-Guided Docking Enables Early Hit Optimization.
著者: Proudfoot, A. / Bussiere, D.E. / Lingel, A.
履歴
登録2017年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,92612
ポリマ－37,8052
非ポリマー1,12110
水5,513306
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,77936
ポリマ－113,4166
非ポリマー3,36330
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_366z-2,x+1,y+11
crystal symmetry operation9_447y-1,z-1,x+21
Buried area22170 Å2
ΔGint-484 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
3
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 12
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,117144
ポリマ－453,66524
非ポリマー13,452120
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_559-x,y,-z+41
crystal symmetry operation4_579x,-y+2,-z+41
crystal symmetry operation5_366z-2,x+1,y+11
crystal symmetry operation6_368z-2,-x+1,-y+31
crystal symmetry operation7_766-z+2,-x+1,y+11
crystal symmetry operation8_768-z+2,x+1,-y+31
crystal symmetry operation9_447y-1,z-1,x+21
crystal symmetry operation10_647-y+1,z-1,-x+21
crystal symmetry operation11_487y-1,-z+3,-x+21
crystal symmetry operation12_687-y+1,-z+3,x+21
crystal symmetry operation13_444x-1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation14_574-x+1/2,-y+5/2,z-1/21
crystal symmetry operation15_549-x+1/2,y-1/2,-z+9/21
crystal symmetry operation16_479x-1/2,-y+5/2,-z+9/21
crystal symmetry operation17_255z-5/2,x+1/2,y+1/21
crystal symmetry operation18_268z-5/2,-x+3/2,-y+7/21
crystal symmetry operation19_765-z+5/2,-x+3/2,y+1/21
crystal symmetry operation20_758-z+5/2,x+1/2,-y+7/21
crystal symmetry operation21_336y-3/2,z-3/2,x+3/21
crystal symmetry operation22_637-y+3/2,z-3/2,-x+5/21
crystal symmetry operation23_387y-3/2,-z+7/2,-x+5/21
crystal symmetry operation24_686-y+3/2,-z+7/2,x+3/21
Buried area74550 Å2
ΔGint-1622 kcal/mol
Surface area146930 Å2
手法PISA
4
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,80715
ポリマ－56,7083
非ポリマー1,09912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_366z-2,x+1,y+11
crystal symmetry operation9_447y-1,z-1,x+21
Buried area5690 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
5
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,97221
ポリマ－56,7083
非ポリマー2,26418
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_366z-2,x+1,y+11
crystal symmetry operation9_447y-1,z-1,x+21
Buried area6770 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.480, 135.480, 135.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-450-

HOH

21B-450-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLNGLN(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA22
12GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
13GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
14GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
15GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
21GLNGLNGLYGLY(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB2 - 92 - 9
22PHEPHEILEILE(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB11 - 1911 - 19
23ILEILEPHEPHE(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB21 - 2921 - 29
24HISHISILEILE(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB31 - 3331 - 33
25ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB35 - 3835 - 38
26SERSERSERSER(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB3939
27GLNGLNALAALA(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB2 - 1592 - 159
28GLNGLNALAALA(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB2 - 1592 - 159
29GLNGLNALAALA(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB2 - 1592 - 159
210GLNGLNALAALA(chain B and (resid 2 through 9 or resid 11...BB2 - 1592 - 159

-
要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 18902.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: coaD, kdtB, yicA, b3634, JW3609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6I6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CWA / (4R)-4-[5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]-3,3-dimethyl-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one


分子量: 292.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14F2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.21 Å / Num. obs: 23975 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 30.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 106196 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.164.30.86517570.5580.4570.98499.2
9.41-36.214.20.0242740.9990.0120.02792.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia21.6データ削減
PHENIX1.12_2829位相決定
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JBN

5jbn


解像度: 2.104→30.294 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 1205 5.03 %
Rwork0.1714 --
obs0.1732 23970 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.33 Å2 / Biso mean: 34.2467 Å2 / Biso min: 16.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→30.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 0 64 306 2833
Biso mean--53.25 44.84 -
残基数----317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9883606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8981583
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1262X-RAY DIFFRACTION14.079TORSIONAL
12B1262X-RAY DIFFRACTION14.079TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1036-2.18780.32691370.25632479261699
2.1878-2.28730.25521350.219725252660100
2.2873-2.40780.23751550.210225172672100
2.4078-2.55860.2671010.198625612662100
2.5586-2.75610.27341190.200925162635100
2.7561-3.03320.19541420.184225322674100
3.0332-3.47160.19411410.16722533267499
3.4716-4.37170.16961290.13732539266899
4.3717-30.29740.17321460.14432563270998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.2690.210.48250.4016-0.49920.2144-0.1230.0977-0.09070.1765-0.1101-0.0116-0.2248-0.10900.1903-0.02670.00570.09220.03390.150123.2742181.2414326.5255
20.12050.2883-0.14190.5681-0.08810.0669-0.03050.07620.00150.13410.11040.0147-0.05780.0685-00.17790.01570.00310.1398-0.01810.156226.3883170.5467325.6742
3-0.0930.02990.0190.202-0.17740.3009-0.01190.0295-0.05930.13030.0332-0.0617-0.05850.0095-00.1968-0.029-0.02980.11050.01180.184526.9875192.0773315.461
40.813-0.20650.02450.52690.11580.1048-0.0120.0131-0.11320.07470.08660.06380.0119-0.059800.09690.00140.00750.1289-0.0020.151110.6615155.6276313.4426
50.06020.173-0.00010.1371-0.04720.1282-0.06990.0096-0.0334-0.07050.0371-0.0557-0.0398-0.092500.128-0.00060.00710.1742-0.0150.159315.6578169.4459308.8446
60.4994-0.4928-0.14370.24090.17160.1313-0.0951-0.0217-0.10370.0026-0.07850.1627-0.05760.143700.15490.0158-0.00370.1348-0.01510.217523.8323144.2719308.7802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 58 )A2 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 119 )A59 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 160 )A120 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 92 )B2 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 93 through 118 )B93 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 119 through 159 )B119 - 159

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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