PDB-5jbn: Crystal Structure of Apo Phosphopantetheine Adenylyltransferase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jbn

タイトル

Crystal Structure of Apo Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) from E. coli

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CoaD / Apo / PPAT

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Mamo, M. / Proudfoot, A. / Bussiere, D.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2016
タイトル: Facilitating unambiguous NMR assignments and enabling higher probe density through selective labeling of all methyl containing amino acids.
著者: Proudfoot, A. / Frank, A.O. / Ruggiu, F. / Mamo, M. / Lingel, A.

履歴

登録	2016年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jbn.cif.gz	159.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jbn.ent.gz	127.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jbn_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jbn_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	5jbn_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	5jbn_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ccn-1 6ccm-1 1gn8-1 6b7d-1 6b7e-1 6ccq-1 6ccs-1 6cco-1 6ccl-1 6cck-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.176, 136.176, 136.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 19246.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: coaD, kdtB, yicA, b3634, JW3609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6I6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.25 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→39.32 Å / Num. obs: 74142 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.4 % / Net I/σ(I): 41.4
反射シェル	最高解像度: 1.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

解像度: 1.45→36.395 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	3758	4.99 %
R_work	0.1451	-	-
obs	0.1469	74015	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→36.395 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2487	0	34	353	2874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2691
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	3668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.867	981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	474

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4423-1.4606	0.2506	136	0.2172	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4606-1.4798	0.272	113	0.2092	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4798-1.5001	0.2446	151	0.1972	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5001-1.5215	0.215	137	0.1802	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5215-1.5442	0.2416	127	0.1731	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5442-1.5683	0.2021	124	0.1644	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5683-1.5941	0.1707	153	0.1653	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5941-1.6215	0.2019	126	0.154	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6215-1.651	0.2118	144	0.1517	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.6828	0.1697	150	0.1561	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6828-1.7171	0.1949	135	0.1505	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7545	0.1857	157	0.1439	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7545-1.7953	0.1689	139	0.1397	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7953-1.8402	0.1863	140	0.1379	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8402-1.8899	0.159	140	0.1347	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9455	0.1829	136	0.1353	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9455-2.0083	0.1525	151	0.1336	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0083-2.0801	0.1684	157	0.1383	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0801-2.1634	0.1781	129	0.1379	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1634-2.2618	0.191	134	0.1345	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2618-2.3811	0.1668	161	0.1356	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3811-2.5302	0.1797	137	0.1378	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5302-2.7255	0.1607	140	0.1441	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7255-2.9997	0.1772	163	0.1417	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9997-3.4334	0.1875	119	0.1401	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4334-4.3247	0.2002	120	0.131	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3247-36.4061	0.1754	139	0.1652	2789	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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