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- PDB-6ccn: Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ccn | ||||||
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Title | Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-2,4-dihydroxy-N-(2-(4-hydroxy-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)ethyl)-3,3-dimethylbutanamide | ||||||
![]() | Phosphopantetheine adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/antibiotic / PPAT CoaD FBDD phosphopantetheine adenylyltransferase Gram-negative antibacterial antibiotic / TRANSFERASE / TRANSFERASE-antibiotic complex | ||||||
Function / homology | ![]() pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mamo, M. / Appleton, B.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Fragment-Based Drug Discovery of Inhibitors of Phosphopantetheine Adenylyltransferase from Gram-Negative Bacteria. Authors: Moreau, R.J. / Skepper, C.K. / Appleton, B.A. / Blechschmidt, A. / Balibar, C.J. / Benton, B.M. / Drumm, J.E. / Feng, B.Y. / Geng, M. / Li, C. / Lindvall, M.K. / Lingel, A. / Lu, Y. / Mamo, ...Authors: Moreau, R.J. / Skepper, C.K. / Appleton, B.A. / Blechschmidt, A. / Balibar, C.J. / Benton, B.M. / Drumm, J.E. / Feng, B.Y. / Geng, M. / Li, C. / Lindvall, M.K. / Lingel, A. / Lu, Y. / Mamo, M. / Mergo, W. / Polyakov, V. / Smith, T.M. / Takeoka, K. / Uehara, K. / Wang, L. / Wei, J.R. / Weiss, A.H. / Xie, L. / Xu, W. / Zhang, Q. / de Vicente, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6cckC ![]() 6cclC ![]() 6ccmC ![]() 6ccoC ![]() 6ccqC ![]() 6ccsC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | x 12 ![]()
| x 12||||||||
Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18073.846 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: coaD, kdtB, yicA, b3634, JW3609 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P0A6I6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2013 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.87→42.71 Å / Num. obs: 28841 / % possible obs: 85.4 % / Redundancy: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 34.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 355493 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.87→42.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.138 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.119 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.119
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Displacement parameters | Biso max: 129.11 Å2 / Biso mean: 37.13 Å2 / Biso min: 20.04 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.87→42.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.87→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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