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万見

- PDB-6ccl: Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferas... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ccl

タイトル

Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 1-benzyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridine

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/antibiotic / PPAT CoaD FBDD phosphopantetheine adenylyltransferase Gram-negative antibacterial antibiotic / TRANSFERASE / TRANSFERASE-antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Mamo, M. / Appleton, B.A.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery of Inhibitors of Phosphopantetheine Adenylyltransferase from Gram-Negative Bacteria.
著者: Moreau, R.J. / Skepper, C.K. / Appleton, B.A. / Blechschmidt, A. / Balibar, C.J. / Benton, B.M. / Drumm, J.E. / Feng, B.Y. / Geng, M. / Li, C. / Lindvall, M.K. / Lingel, A. / Lu, Y. / Mamo, M. ...

履歴

登録	2018年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ccl.cif.gz	151.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ccl.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ccl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6ccl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6ccl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cckC 6ccmC 6ccnC 6ccoC 6ccqC 6ccsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b7e-1 6cco-1 6ccm-1 1gn8-1 6cck-1 6ckw-1 1h1t-1 6chn-1 6chm-1 6ccn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
112 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

x 12

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

x 12

ソフトウェアが定義した集合体
447 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_454	x-1/2,y+1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	14_544	-x+1/2,-y-1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	15_555	-x+1/2,y+1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	16_445	x-1/2,-y-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	17_445	z-1/2,x-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	18_454	z-1/2,-x+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	19_555	-z+1/2,-x+1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	20_544	-z+1/2,x-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	21_544	y+1/2,z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	22_445	-y-1/2,z-1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	23_555	y+1/2,-z+1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	24_454	-y-1/2,-z+1/2,x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.050, 135.050, 135.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

-
要素

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 18073.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: coaD, kdtB, yicA, b3634, JW3609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6I6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EXG / 1-benzyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridine / 1-ベンジル-1H-イミダゾ[4,5-b]ピリジン分子量: 209.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁N₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.77→36.09 Å / Num. obs: 39709 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 244099

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.77-1.87	6.2	0.671	5737	0.815	0.293	0.733	100
5.6-36.09	6	0.022	1322	1	0.009	0.024	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
BUSTER	2.11.7	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.77→25.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.101 / SU R_free Blow DPI: 0.101 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.098

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	1927	4.85 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.166	39696	99.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.48 Å² / B_iso mean: 28.15 Å² / B_iso min: 13.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.77→25.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2490	0	66	321	2877
B_iso mean	-	-	40.07	41.01	-
残基数	-	-	-	-	318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	932	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	60	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	443	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2721	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	353	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies	11	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3630	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2721	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3712	HARMONIC	2	0.93
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.13
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.36

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.82 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	126	4.58 %
R_work	0.2062	2625	-
all	0.2079	2751	-
obs	-	-	95.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.038	0.3906	-0.1201	0.8511	-0.5217	0.5334	-0.0081	-0.0869	0.0196	0.0465	0.0457	0.1171	-0.0396	-0.0848	-0.0376	-0.0314	-0.0033	0.0004	-0.0375	-0.0093	-0.0077	20.7649	-13.1083	46.1513
2	1.4498	-0.9442	2.9104	1.726	0.0676	1.5417	-0.0398	0.0822	-0.0857	-0.2186	0.1119	0.2355	-0.0604	-0.0022	-0.0721	0.0661	-0.0647	-0.0635	-0.04	0.0216	0.0381	14.3381	-11.6422	28.4281
3	2.417	0.493	-0.6193	2.3505	-0.323	0.0315	-0.0024	-0.0076	0.2765	0.0532	0.0963	0.4566	-0.0143	-0.1086	-0.0939	-0.028	0.011	-0.0026	-0.0567	-0.0166	0.0619	14.6991	-7.3537	42.3932
4	1.3216	0.1209	-0.3873	3.6806	-0.9533	0.835	0.0271	-0.0071	0.065	0.0251	-0.0636	-0.0206	-0.0956	-0.0148	0.0366	-0.0088	-0.0093	-0.0059	-0.0579	-0.0044	-0.0154	28.2119	-9.0393	41.6011
5	2.0297	-0.4169	-0.7837	3.7031	0.0828	2.2015	0.0189	0.1835	-0.277	-0.0547	-0.0733	0.0615	-0.0886	-0.0827	0.0544	-0.0183	0.0247	-0.0072	0.0176	-0.0101	0.0007	33.9329	-17.3196	34.9094
6	0.5198	0.8956	-0.2892	1.5706	-0.058	0.3002	0.065	0.0668	-0.1657	0.0442	-0.036	-0.1523	0.0395	0.055	-0.029	0.0023	0.0085	-0.0192	-0.021	0.015	0.0221	25.9594	-20.6956	43.9808
7	1.9924	0.1677	-0.9276	0.5251	1.0934	0	-0.0087	0.0628	0.0273	-0.0508	0.0215	-0.0289	-0.1683	0.0849	-0.0128	-0.0054	-0.0281	0.0035	-0.0194	0.0171	0.001	9.4947	-24.496	30.3147
8	2.9903	0.7289	-0.5175	0.7844	0.4505	0.6919	-0.0305	0.055	0.4152	-0.0091	-0.0402	0.2407	0.0429	-0.2794	0.0707	-0.0528	-0.0138	-0.0064	-0.0075	-0.0049	0.0747	3.4153	-20.7632	37.7007
9	1.4692	1.6932	-0.8693	0	-0.6105	1.7603	-0.0042	-0.0764	-0.0621	-0.0008	-0.0923	-0.0895	-0.0998	0.1598	0.0965	-0.0358	0.0191	0.0051	-0.0158	0.0115	-0.0305	42.1382	-23.6421	55.9317
10	3.1811	-1.184	-1.1091	0.8509	-0.0877	2.0931	-0.1353	-0.2865	-0.1643	0.0348	-0.0207	0.0918	0.0585	0.3172	0.156	-0.0632	-0.0016	0.0025	0.0215	0.0168	-0.0434	47.1837	-23.5732	55.6381
11	1.4523	0.4068	-0.4008	0.2839	-0.9196	2.5491	-0.0248	-0.1475	-0.095	0.1604	0.0494	-0.0997	0.0482	-0.0802	-0.0246	-0.0233	-0.0309	0.004	0.0968	0.0053	-0.0028	40.2424	-25.2459	61.899
12	3.1817	0.2706	0.4279	1.8195	0.7867	2.7314	0.0858	0.2753	-0.2569	-0.1419	0.18	-0.0667	0.1354	0.0945	-0.2658	-0.0326	0.0112	-0.0247	-0.0618	0.0055	-0.0463	32.3757	-28.7751	50.097
13	1.8347	1.0887	-0.5692	0.7658	-0.6849	0.4219	0.0967	0.2193	-0.1319	-0.0396	-0.0277	-0.0371	0.0055	0.0321	-0.069	-0.0098	0.0106	-0.0158	0.005	0.0087	-0.032	37.9164	-22.2836	46.4662
14	1.0497	1.379	-1.7835	1.2157	-0.678	0.5402	0.0068	-0.0152	-0.069	0.102	-0.0477	0.1078	0.0775	0.0374	0.0409	0.0198	0.0137	-0.0001	0.0253	0.0171	0.0803	55.1318	-33.3396	43.3095
15	4.3704	-0.8065	-0.1133	0.6034	0.733	0.7896	0.0175	-0.4309	-0.185	-0.0344	-0.0091	0.0312	0.0503	0.1157	-0.0084	-0.0869	0.0104	0.0097	0.0039	0.0195	-0.0505	60.7152	-26.5554	46.4942
16	0.0406	-0.1426	0.0924	0.1913	-0.2419	0	-0.0053	-0.0162	-0.0027	0.0052	0.0001	0.0115	0.0044	-0.0058	0.0052	0.0295	-0.0504	0.0498	-0.0375	0.0085	0.0089	26.6678	-10.2687	32.0301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|37 }	A	2 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|38 - A\|47 }	A	38 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|48 - A\|73 }	A	48 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|74 - A\|92 }	A	74 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|93 - A\|109 }	A	93 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|110 - A\|128 }	A	110 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|129 - A\|138 }	A	129 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|139 - A\|160 }	A	139 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|2 - B\|15 }	B	2 - 15
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|16 - B\|59 }	B	16 - 59
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|60 - B\|80 }	B	60 - 80
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|81 - B\|109 }	B	81 - 109
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ B\|110 - B\|128 }	B	110 - 128
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ B\|129 - B\|137 }	B	129 - 137
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ B\|138 - B\|159 }	B	138 - 159
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ A\|201 }	A	201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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