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- PDB-6b7a: Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b7a
タイトルCrystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-methyl-1H-benzo[d]imidazol-4-ol
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CoaD
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methyl-1H-benzimidazol-7-ol / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYROPHOSPHATE 2- / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.991 Å
データ登録者Proudfoot, A.W. / Bussiere, D. / Lingel, A.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: High-Confidence Protein-Ligand Complex Modeling by NMR-Guided Docking Enables Early Hit Optimization.
著者: Proudfoot, A. / Bussiere, D.E. / Lingel, A.
履歴
登録2017年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,11214
ポリマ－37,8052
非ポリマー1,30612
水6,612367
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,33642
ポリマ－113,4166
非ポリマー3,91936
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area23890 Å2
ΔGint-398 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
3
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 12
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,342168
ポリマ－453,66524
非ポリマー15,677144
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_456-x-1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_546x,-y-1,-z+11
crystal symmetry operation5_456z-1,x,y+11
crystal symmetry operation6_445z-1,-x-1,-y1
crystal symmetry operation7_546-z,-x-1,y+11
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_546y,z-1,x+11
crystal symmetry operation10_445-y-1,z-1,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_456-y-1,-z,x+11
crystal symmetry operation13_445x-1/2,y-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation14_445-x-1/2,-y-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation15_445-x-1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation16_445x-1/2,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation17_445z-1/2,x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation18_445z-1/2,-x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation19_445-z-1/2,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation20_445-z-1/2,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation21_445y-1/2,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation22_445-y-1/2,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation23_445y-1/2,-z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation24_445-y-1/2,-z-1/2,x+1/21
Buried area85660 Å2
ΔGint-1091 kcal/mol
Surface area142160 Å2
手法PISA
4
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,47221
ポリマ－56,7083
非ポリマー1,76418
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area7020 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
5
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,86321
ポリマ－56,7083
非ポリマー2,15518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area7840 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.600, 134.600, 134.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-484-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLNGLN(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA22
12GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
13GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
14GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
15GLNGLNVALVAL(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 1602 - 160
21GLNGLNALAALA(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB2 - 52 - 5
22TYRTYRGLYGLY(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB7 - 97 - 9
23PHEPHEILEILE(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB11 - 1911 - 19
24ILEILETHRTHR(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB21 - 2321 - 23
25ALAALATHRTHR(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB25 - 2625 - 26
26PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB2929
27HISHISILEILE(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB31 - 3331 - 33
28ALAALASERSER(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB35 - 4135 - 41
29LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB42 - 4342 - 43
210GLNGLNVALVAL(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB2 - 1602 - 160
211GLNGLNVALVAL(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB2 - 1602 - 160
212GLNGLNVALVAL(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB2 - 1602 - 160
213GLNGLNVALVAL(chain B and (resid 2 through 5 or resid 7...BB2 - 1602 - 160

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 18902.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: coaD, kdtB, yicA, b3634, JW3609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6I6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 379分子

#2: 化合物 ChemComp-CWM / 2-methyl-1H-benzimidazol-7-ol


分子量: 148.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.59 Å / Num. obs: 27924 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 24.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 212001 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.99-2.047.40.66119590.830.2590.711100
9.12-47.596.70.02531410.010.02797.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
PHENIX1.12_2829位相決定
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JBN

5jbn


解像度: 1.991→28.697 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1986 1416 5.08 %
Rwork0.174 --
obs0.1752 27864 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.99 Å2 / Biso mean: 28.7915 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.991→28.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2487 0 78 368 2933
Biso mean--44.62 42.97 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8593685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4581654
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1197X-RAY DIFFRACTION10.038TORSIONAL
12B1197X-RAY DIFFRACTION10.038TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9911-2.06220.21651610.212226052766
2.0622-2.14480.25321400.208426192759
2.1448-2.24230.22841410.194526282769
2.2423-2.36050.20611270.185926332760
2.3605-2.50830.23731630.187826182781
2.5083-2.70180.20671500.191126162766
2.7018-2.97350.20541260.180126632789
2.9735-3.40320.17871230.170826592782
3.4032-4.28530.1741300.147526622792
4.2853-28.69980.18491550.162227452900
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.003-0.005-0.00150.01030.01170.0104-0.14790.00030.08320.0897-0.1958-0.02140.1580.015500.1015-0.07650.0162-0.2014-0.06830.0373-23.2061-45.690455.3319
20.00140.0067-0.0030.012-0.00450.006-0.0123-0.0129-0.02240.02210.0013-0.00370.00880.0032-00.13390.00940.00040.08010.01630.0734-24.3567-38.460458.9396
30.00490.00130.00180.0049-0.00340.0012-0.01690.0003-0.0241-0.03860.03410.0218-0.0059-0.0399-00.09540.0094-0.00490.09770.00930.0792-28.6234-30.250249.7196
40.0002-0.0025-0.00390.00820.01540.00570.02810.07250.02880.0590.00370.05480.01460.006600.1533-0.08370.0327-0.1749-0.05380.134-26.9236-56.09244.0466
50.022-0.02150.00010.01520.01340.00380.04750.00690.17770.156-0.0377-0.0636-0.00470.0433-00.00930.01490.01060.06070.02420.143-11.0867-17.833942.6238
60.0003-0.0037-0.00430.01160.00610.00450.01180.0190.026-0.04020.0530.0001-0.01020.0953-00.06280.0174-0.00560.11610.00690.0975-13.3124-31.393339.2911
70.0115-0.01330.00570.0065-0.00210.0035-0.0324-0.0060.035-0.0444-0.0309-0.0539-0.0376-0.065700.09430.04170.0090.05090.0230.1759-23.5758-8.218937.2554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 59 )A2 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 92 )A60 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 119 )A93 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 160 )A120 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 73 )B2 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 74 through 119 )B74 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 120 through 160 )B120 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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