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- PDB-6fnz: Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human do... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fnz | ||||||
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Title | Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / DCX DOMAIN / UBIQUITIN-LIKE FOLD / MICROTUBULE ASSOCIATED / DOMAIN SWAP / ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION | ||||||
Function / homology | ![]() axoneme assembly / Neurofascin interactions / microtubule associated complex / microtubule organizing center / central nervous system development / neuron migration / retina development in camera-type eye / nervous system development / microtubule binding / microtubule ...axoneme assembly / Neurofascin interactions / microtubule associated complex / microtubule organizing center / central nervous system development / neuron migration / retina development in camera-type eye / nervous system development / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / intracellular signal transduction / neuron projection / protein kinase binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() unidentified (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stihle, M. / Benz, J. / Rudolph, M.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Domain swap in the C-terminal ubiquitin-like domain of human doublecortin. Authors: Rufer, A.C. / Kusznir, E. / Burger, D. / Stihle, M. / Ruf, A. / Rudolph, M.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 149.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 120.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 464.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 466.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ip4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 9088.683 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 604.565 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) unidentified (others) / Production host: ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.3 Details: 20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 12, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.18→44.028 Å / Num. obs: 29591 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 8.26 % / Biso Wilson estimate: 60.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 12.86 / Num. measured all: 244277 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: modified PDB entry 5ip4 Resolution: 2.23→44.028 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.69 Å2 / Biso mean: 78.9177 Å2 / Biso min: 40.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.23→44.028 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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