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万見
- PDB-5ip4: X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ip4
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN
要素
  • Neuronal migration protein doublecortin
  • XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX
キーワードTRANSFERASE / DCX DOMAIN / UBIQUITIN-LIKE FOLD / MICROTUBULE ASSOCIATED / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axoneme assembly / Neurofascin interactions / microtubule associated complex / central nervous system development / neuron migration / nervous system development / retina development in camera-type eye / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton ...axoneme assembly / Neurofascin interactions / microtubule associated complex / central nervous system development / neuron migration / nervous system development / retina development in camera-type eye / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / neuron projection / intracellular signal transduction / protein kinase binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Doublecortin domain / Neuronal migration protein doublecortin, chordata / Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins ...Doublecortin domain / Neuronal migration protein doublecortin, chordata / Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal migration protein doublecortin
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Ruf, A. / Benz, J. / Burger, D. / D'Arcy, B. / Debulpaep, M. / Di Lello, P. / Fry, D. / Huber, W. / Kremer, T. / Laeremans, T. ...Ruf, A. / Benz, J. / Burger, D. / D'Arcy, B. / Debulpaep, M. / Di Lello, P. / Fry, D. / Huber, W. / Kremer, T. / Laeremans, T. / Matile, H. / Ross, A. / Rudolph, M.G. / Rufer, A.C. / Sharma, A. / Steinmetz, M.O. / Steyaert, J. / Schoch, G. / Stihle, M. / Thoma, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of the Human Doublecortin C- and N-terminal Domains in Complex with Specific Antibodies.
著者: Burger, D. / Stihle, M. / Sharma, A. / Di Lello, P. / Benz, J. / D'Arcy, B. / Debulpaep, M. / Fry, D. / Huber, W. / Kremer, T. / Laeremans, T. / Matile, H. / Ross, A. / Rufer, A.C. / Schoch, ...著者: Burger, D. / Stihle, M. / Sharma, A. / Di Lello, P. / Benz, J. / D'Arcy, B. / Debulpaep, M. / Fry, D. / Huber, W. / Kremer, T. / Laeremans, T. / Matile, H. / Ross, A. / Rufer, A.C. / Schoch, G. / Steinmetz, M.O. / Steyaert, J. / Rudolph, M.G. / Thoma, R. / Ruf, A.
履歴
登録2016年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX
B: XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX
D: Neuronal migration protein doublecortin
E: Neuronal migration protein doublecortin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5544
ポリマ－47,5544
非ポリマー00
水6,972387
1
A: XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX
E: Neuronal migration protein doublecortin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7772
ポリマ－23,7772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX
D: Neuronal migration protein doublecortin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7772
ポリマ－23,7772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.840, 86.191, 73.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12D
22E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 300
2115B1 - 300
1125D1 - 500
2125E1 - 500

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX


分子量: 13419.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Neuronal migration protein doublecortin / Doublin / Lissencephalin-X / Lis-X


分子量: 10357.084 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCX, DBCN, LISX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43602
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→44.77 Å / Num. obs: 42622 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.42 % / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.33
反射 シェル解像度: 1.81→1.9 Å / 冗長度: 3.28 % / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Rrim(I) all: 1.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS(VERSION December 6 2010)データ削減
SADABS2008/1データスケーリング
REFMAC5.6.0112精密化
PHASER2.1.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ENSEMBLE OF 2X1O, 2X1P, 2X6M, 3DWT, 3EAK, 3G9A, AND 3P0G

2x1o

2x1p

2x6m

3dwt

3eak

3g9a

3p0g


解像度: 1.81→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.445 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.135
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT MTRIX1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 1 MTRIX2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 1 MTRIX3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 1 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT MTRIX1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 1 MTRIX2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 1 MTRIX3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 1 MTRIX1 2 -0.953542 0.007739 -0.301161 0.89565 1 MTRIX2 2 -0.006502 -0.999966 -0.005108 126.50698 1 MTRIX3 2 -0.301190 -0.002913 0.953560 -7.08845 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24635 2063 5 %RANDOM
Rwork0.19398 ---
obs0.1967 38934 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20.46 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2986 0 0 387 3373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1211.9444113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5285379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23623.986138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08315522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.6871520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A436medium positional0.150.5
22D320medium positional0.540.5
11A405loose positional0.525
22D311loose positional0.95
11A436medium thermal1.822
22D320medium thermal5.412
11A405loose thermal2.6810
22D311loose thermal5.6110
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 153 -
Rwork0.418 2566 -
obs--87.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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